在 python 中使用 lmfit 的最小化时出现令人困惑的错误

Question

我的代码如下：

import numpy as np
from math import *
from scipy.optimize import *
import scipy.optimize as opt
from lmfit import Minimizer, Parameters, report_fit
import lmfit as lf

f = open('data.txt','r')
lines=f.readlines()   

n1=[]
n2=[]
n=[]
h=[]
for x in lines:
    x=x.strip() # remove \n before splitting the line
    n1.append(x.split('\t')[0])
    n2.append(x.split('\t')[1])
    n.append(x.split('\t')[2])
    h.append(x.split('\t')[3])
f.close()

n1 = [float(i) for i in n1]
n2 = [float(i) for i in n2]
n = [float(i) for i in n]
h = [float(i) for i in h]
# convert a list into an array
n1 = np.array(n1)
n2 = np.array(n2)
n = np.array(n)
h = np.array(h)

def fith(params,n1,n2,n,h):
    a1 = params['p1']
    b1 = params['p2']
    a2 = params['p3']
    b2 = params['p4']
    model = (a1 + b1*n) * n1 + (a2 + b2*n) * n2
    return model - h

params = Parameters()
params.add('p1',value=1.0)
params.add('p2',value=1.0)
params.add('p3',value=1.0)
params.add('p4',value=1.0)

out = minimize(fith,params,args=(n1,n2,n,h))

print(out)

在运行之后，我得到如下错误：

#

回溯（最近调用最后）：文件 "E:\new model\calculate_H_v2.py"，第 50 行，位于 out = minimize(fith,params,args=(n1,n2,n,h)) 文件 "E:\softwares\python\lib\site-packages\scipy\optimize_minimize.py"，第 481 行，最小化 return _minimize_bfgs（乐趣，x0，args，jac，回调，**选项）文件 "E:\softwares\python\lib\site-packages\scipy\optimize\optimize.py"，第 943 行，在 _minimize_bfgs 中 gfk = myfprime(x0) 文件 "E:\softwares\python\lib\site-packages\scipy\optimize\optimize.py"，第 292 行，在 function_wrapper 中 return 函数（（wrapper_args + args））文件 "E:\softwares\python\lib\site-packages\scipy\optimize\optimize.py"，第 703 行，在 approx_fprime 中 return_approx_fprime_helper(xk, f, epsilon, args=args) _approx_fprime_helper 中的文件 "E:\softwares\python\lib\site-packages\scipy\optimize\optimize.py"，第 637 行 f0 = f(((xk,) + args)) 文件 "E:\softwares\python\lib\site-packages\scipy\optimize\optimize.py"，第 292 行，在 function_wrapper 中 return 函数(*(wrapper_args + args)) 文件 "E:\new model\calculate_H_v2.py"，第 35 行，在第五个 a1 = 参数['p1'] IndexError：只有整数、切片（:）、省略号（...）、numpy.newaxis（None）和整数或布尔数组是有效的索引

#

看完题目后，我一直想不通为什么会出现这种错误。你能帮帮我吗？

提前致谢。

静

Answer 1

我认为基本问题是您使用的是 scipy.optimize.minimize() 而不是 lmfit.minimize()。也就是说，您从 scipy.optimize import *，然后从 lmfit.

导入 Minimizer

即使用from lmfit import minimize, Parameters, report_fit，或使用

mini = Minimizer(fith,params,args=(n1,n2,n,h))
out = mini.minimize()

应该让你的脚本使用 lmfit.minimize()，在我看来它应该可以工作。

这就是 import * 痛苦的原因：您很难分辨符号的来源。

作为旁注，您可以使用 numpy.loadtxt() 来简化将数据读取到 numpy 数组的过程。

在 python 中使用 lmfit 的最小化时出现令人困惑的错误

confusing error when using minimize of lmfit in python

python-3.5

lmfit

#

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