整个 DNA 文件 index/location 切片成固定长度的子串

Question

我是 python 的新手，我正在编写代码来切片 DNA 序列。这个想法是：首先计算文本文件中的序列长度，其次，将序列切成长度为 5 的子字符串。最后将每个子字符串写入输出文本文件中的一行。

我不知道如何从每个具有相同长度的字符中拆分序列，假设文本文件包含 [ACTGTATGCATACACGTA...] 结果应该类似于 ACTGT、CTGTA、TGTAT、.. .

我需要有关增量循环功能的帮助，它可以通过 index/location

帮助 split/slice

Answer 1

使用textwrap将输入字符串分割成块，然后将它们写入newfile.txt:

import textwrap

s = 'ACTGTATGCATACACACTGT'  # your input DNA sequence
splitted = textwrap.wrap(s, 5)  # split it to 5-char substrings

with open('newfile.txt', 'w') as f:  # write to a text file
    for line in splitted:
        f.write(line + '\n')  # one substring = one line

输出文件：

ACTGT
ATGCA
TACAC
ACTGT

Answer 2

试试这个：

st = "ACTGTATGCATACACGTA"
for i in range(0,len(st[:-4])):
    print(st[i:i+5])

O/P 会像：

ACTGT CTGTA TGTAT GTATG TATGC ATGCA TGCAT GCATA CATAC ATACA TACAC ACACG CACGT ACGTA

整个 DNA 文件 index/location 切片成固定长度的子串

whole DNA file Slice to a fixed length substring by index/location

python

sequences

slice