抑制但捕获 R 中的警告

Question

我正在构建一个功能来连接到一个特定的受密码保护的 ODBC 数据源，该数据源将供团队的许多成员使用 - 它可以在多个环境中使用。如果连接被拒绝，我想显示警告消息但屏蔽显示的密码。如果我使用 suppressWarnings() 就我所知，什么都没有被捕获，如果我不这样做，那么该消息将与密码一起显示在标准输出中。这是到目前为止的功能：

connectToData <- function(uid, pswd, dsn='myDSN') {
  # Function to connect to myDSN data
  #
  # Args:
  #   uid: The user's ID for connecting to the database 
  #   pswd: The user's password for connecting to the database. 
  #   dsn: The DSN for the (already existing) ODBC connection to the 5G  
  #        data. It must be set up on an individual Windows user's machine, 
  #        and they could use any name for it. The default is 'myDSN' 
  #
  # Returns:
  #   The 'RODBC' class object returned by the RODBC:odbcConnect() function.
  #
  # TODO: 1) See if you can specify the connection using odbcDriverConnect()
  #          so as to not rely on user's ODBC connections
  #       2) Capture warnings from odbcConnect() and print them while 
  #          disguising password using gsub, as I've attempted to do below.
  library('RODBC')

  db.conn <- odbcConnect(dsn,
                         uid=uid,
                         pwd=pswd)

  if(class(db.conn) != 'RODBC') {  # Error handling for connections that don't make it
    print(gsub(pswd,'******',warnings()))  # This doesn't work like I want it to
    stop("ODBC connection could not be opened. See warnings()")
  } else {
    return(db.conn)
  }
}

当我运行使用正确的 username/password 时，我得到了正确的结果，但是当我运行使用错误的密码时，我得到了这个：

> db.conn <- connectTo5G(uid='myID',pswd='badpassword', dsn='myDSN') 
[1] "RODBC::odbcDriverConnect(\"DSN=myDSN;UID=myID;PWD=******\")" 
[2] "RODBC::odbcDriverConnect(\"DSN=myDSN;UID=myID;PWD=******\")" 
Error in connectTo5G(uid = "myID", pswd = "badpassword", dsn = "myDSN") :    
ODBC connection could not be opened. See warnings() 
In addition: Warning messages: 
1: In RODBC::odbcDriverConnect("DSN=myDSN;UID=myID;PWD=badpassword") :  
[RODBC] ERROR: state 28000, code 1017, message [Oracle][ODBC][Ora]ORA-01017: invalid username/password; logon denied
2: In RODBC::odbcDriverConnect("DSN=myDSN;UID=myID;PWD=badpassword") :
ODBC connection failed

print(gsub(...)) 似乎适用于调用函数之前的最新警告，它也只打印产生警告的函数调用，而不是警告文本。

我想做的是捕获 "In addition: Warning messages:" 之后的所有内容，以便我可以在其上使用 gsub()，但避免在 gsub() 有机会处理之前打印它它。我想我需要使用 withCallingHandlers() 但我已经查看了文档和示例，但我无法弄清楚。

一些额外的背景：这是一个 Oracle 数据库，在三次尝试连接后将用户锁定，所以我想使用 stop() 以防有人编写多次调用此函数的代码。我小组中的不同用户在 Windows 和 Linux 中工作（有时来回切换），因此任何解决方案都需要灵活。

Answer 1

捕捉错误信息

我不完全明白你想用 ODBC 完成什么，但在转换错误消息方面，你可以使用 tryCatch 作为@joran 建议

pswd = 'badpassword'
# Just as a reproducable example, a function which fails and outputs badpassword
failing <- function(){
  badpassword == 1
}
# This would be the error handling part
tryCatch(failing(),
         error = function(e) gsub(pswd, '******', e))
[1] "Error in failing(): object '******' not found\n"

e 在这种情况下是错误消息，您可以想出其他方法来操纵屏幕上显示的内容，因此根据被替换的内容猜测密码就不会那么容易了。请注意，例如，如果密码出于某种原因 'object'，那么 'object' 也会被替换。甚至部分单词也会被替换。至少，在 gsub 命令中包含单词边界是有意义的：

pswd = 'ling'
failing <- function(){
  ling == 1
}
tryCatch(failing(),
         error = function(e) gsub(paste0("\b", pswd, "\b"), '******', e))
[1] "Error in failing(): object '******' not found\n"

对于其他改进，您应该仔细查看具体的错误消息。

警告

trycatch也可以操纵警告：

pswd = 'ling'
failing <- function(){
  warning("ling")
  ling == 1
}
tryCatch(failing(),
         warning = function(w) gsub(paste0("\b", pswd, "\b"), '******', w),
         error = function(e) gsub(paste0("\b", pswd, "\b"), '******', e))
[1] "simpleWarning in failing(): ******\n"

然而，这将不会显示错误。

withCallingHandlers

如果你真的想捕获错误和警告的所有输出，你确实需要 withCallingHandlers，它的工作方式基本相同，只是它不会终止其余的计算。

pswd = 'ling'
failing <- function(pswd){
  warning(pswd)
  warning("asd")
  stop(pswd)
}
withCallingHandlers(failing(),
                    warning = function(w) {
                      w <- gsub(paste0("\b", pswd, "\b"), '******', w)
                      warning(w)},
                    error = function(e){
                      e <- gsub(paste0("\b", pswd, "\b"), '******', e)
                      stop(e)
                    })

抑制但捕获 R 中的警告

Suppress but capture warnings in R

odbc

warnings

r

rodbc

捕捉错误信息

警告

withCallingHandlers