python 模块 (igraph) 安装接近尾声时出现权限被拒绝错误
Permission denied error near end of python module (igraph) install
我正在尝试安装 igraph 0.7。它在集群上，因此必须在我的主目录中完成。我正在使用 pip 并将其指向本地存档。这个过程运行良好，直到结束，当我得到一个权限被拒绝的错误时。
pequodr@labq02 [~/modules] % pip install --user python-igraph-0.7.tar.gz
[LOTS OF OUTPUT CLIPPED]
byte-compiling /home/pequodr/pequodr/.local/lib/python2.7/site-packages/igraph/clustering.py to clustering.pyc
byte-compiling /home/pequodr/pequodr/.local/lib/python2.7/site-packages/igraph/summary.py to summary.pyc
byte-compiling /home/pequodr/pequodr/.local/lib/python2.7/site-packages/igraph/statistics.py to statistics.pyc
byte-compiling /home/pequodr/pequodr/.local/lib/python2.7/site-packages/igraph/compat.py to compat.pyc
running install_headers
creating /soft/python-epd/canopy-1.4.1/include/site
error: could not create '/soft/python-epd/canopy-1.4.1/include/site': Permission denied
----------------------------------------
Cleaning up...
Command /soft/python-epd/canopy-1.4.1/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-_iGu38-build/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-_slLtx-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /soft/python-epd/canopy-1.4.1/include/site/python2.7 --user failed with error code 1 in /tmp/pip-_iGu38-build
Storing debug log for failure in /home/pequodr/pequodr/.pip/pip.log
pequodr@labq02 [~/modules] %
有趣的是，这个包似乎工作正常。我可以导入它并在 python 中使用它。
如何解决这个错误？既然包有效，是不是可以忽略它，或者它稍后会回来困扰我吗？这是什么意思？
编辑
这是ls -l /soft/python-epd/canopy-1.4.1/include/
的输出
total 8640
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 4857 Jan 8 12:07 clog_commset.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 696 Jan 8 12:07 clog_const.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 737 Jan 8 12:07 clog_inttypes.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1353 Jan 8 12:07 clog_uuid.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3997 Jan 8 12:00 cpl_atomic_ops.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 627 Jan 8 12:00 cpl_config_extras.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 6397 Jan 8 12:00 cpl_config.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 13436 Jan 8 12:00 cpl_conv.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2871 Jan 8 12:00 cpl_csv.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 5072 Jan 8 12:00 cpl_error.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3478 Jan 8 12:00 cpl_hash_set.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 4148 Jan 8 12:00 cpl_http.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2828 Jan 8 12:00 cplkeywordparser.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2813 Jan 8 12:00 cpl_list.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 6641 Jan 8 12:00 cpl_minixml.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3114 Jan 8 12:00 cpl_minizip_ioapi.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 13825 Jan 8 12:00 cpl_minizip_unzip.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 9758 Jan 8 12:00 cpl_minizip_zip.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 6285 Jan 8 12:00 cpl_multiproc.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 9352 Jan 8 12:00 cpl_odbc.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 21384 Jan 8 12:00 cpl_port.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2212 Jan 8 12:00 cpl_progress.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 4505 Jan 8 12:00 cpl_quad_tree.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3569 Jan 8 12:00 cpl_spawn.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 14916 Jan 8 12:00 cpl_string.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1935 Jan 8 12:00 cpl_time.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 16181 Jan 8 12:00 cpl_virtualmem.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 11897 Jan 8 12:00 cpl_vsi.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2549 Jan 8 12:00 cpl_vsil_curl_priv.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 8307 Jan 8 12:00 cpl_vsi_virtual.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2973 Jan 8 12:00 cpl_win32ce_api.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1821 Jan 8 12:00 cpl_wince.h
drwxr-xr-x. 2 swinst swinst 4096 Jan 8 12:00 curl
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3364 Jan 8 12:00 expat_external.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 40339 Jan 8 12:00 expat.h
drwxr-xr-x. 3 swinst swinst 8192 Jan 8 12:02 freetype2
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 19306 Jan 8 12:00 gdal_alg.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 7501 Jan 8 12:00 gdal_alg_priv.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1890 Jan 8 12:00 gdal_csv.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 9476 Jan 8 12:00 gdalexif.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 7373 Jan 8 12:00 gdal_frmts.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2397 Jan 8 12:00 gdalgeorefpamdataset.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 5289 Jan 8 12:00 gdalgrid.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3009 Jan 8 12:00 gdalgrid_priv.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 41298 Jan 8 12:00 gdal.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2123 Jan 8 12:00 gdaljp2abstractdataset.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 4888 Jan 8 12:00 gdaljp2metadata.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 12217 Jan 8 12:00 gdal_pam.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 37917 Jan 8 12:00 gdal_priv.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 17067 Jan 8 12:00 gdal_proxy.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 12975 Jan 8 12:00 gdal_rat.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 17447 Jan 8 12:00 gdal_simplesurf.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1034 Jan 8 12:00 gdal_version.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 4538 Jan 8 12:00 gdal_vrt.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 16951 Jan 8 12:00 gdalwarper.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 6250 Jan 8 12:00 gdalwarpkernel_opencl.h
drwxr-xr-x. 15 swinst swinst 8192 Jan 8 12:03 geos
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 64011 Jan 8 12:03 geos_c.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 866 Jan 8 12:03 geos.h
drwxr-xr-x. 3 swinst swinst 4096 Jan 8 12:05 gio-unix-2.0
drwxr-xr-x. 5 swinst swinst 4096 Jan 8 12:05 glib-2.0
drwxr-xr-x. 3 swinst swinst 4096 Jan 8 12:05 gstreamer-0.10
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2886 Jan 8 12:00 gvgcpfit.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 22588 Jan 8 12:00 H5ACpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 14401 Jan 8 12:00 H5api_adpt.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 5629 Jan 8 12:00 H5Apublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1918 Jan 8 12:00 H5Cpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1592 Jan 8 12:00 H5DOpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 6616 Jan 8 12:00 H5Dpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2748 Jan 8 12:00 H5DSpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 19492 Jan 8 12:00 H5Epubgen.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 9174 Jan 8 12:00 H5Epublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1705 Jan 8 12:00 H5FDcore.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2172 Jan 8 12:00 H5FDdirect.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1723 Jan 8 12:00 H5FDfamily.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3243 Jan 8 12:00 H5FDlog.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2806 Jan 8 12:00 H5FDmpi.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2499 Jan 8 12:00 H5FDmpio.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1900 Jan 8 12:00 H5FDmpiposix.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2095 Jan 8 12:00 H5FDmulti.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 13879 Jan 8 12:00 H5FDpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1555 Jan 8 12:00 H5FDsec2.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1561 Jan 8 12:00 H5FDstdio.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 8717 Jan 8 12:00 H5Fpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 7309 Jan 8 12:00 H5Gpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3432 Jan 8 12:00 H5IMpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 4641 Jan 8 12:00 H5Ipublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 9324 Jan 8 12:00 H5Lpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 14340 Jan 8 12:00 H5LTpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1933 Jan 8 12:00 H5MMpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 10238 Jan 8 12:00 H5Opublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 99992 Jan 8 12:00 H5overflow.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2882 Jan 8 12:00 H5PLextern.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 24235 Jan 8 12:00 H5Ppublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 4011 Jan 8 12:00 H5PTpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 22089 Jan 8 12:00 H5pubconf.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 11180 Jan 8 12:00 H5public.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3686 Jan 8 12:00 H5Rpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 7405 Jan 8 12:00 H5Spublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 8577 Jan 8 12:00 H5TBpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 27329 Jan 8 12:00 H5Tpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 12558 Jan 8 12:00 H5version.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 11262 Jan 8 12:00 H5Zpublic.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2655 Jan 8 12:00 hdf5.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1604 Jan 8 12:00 hdf5_hl.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1352 Oct 13 10:42 jconfig.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 14581 Oct 13 10:42 jerror.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 12653 Oct 13 10:42 jmorecfg.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 47474 Oct 13 10:42 jpeglib.h
drwxr-xr-x. 2 swinst swinst 4096 Jan 8 12:00 libexslt
drwxr-xr-x. 2 swinst swinst 4096 Jan 8 11:58 libpng16
drwxr-xr-x. 3 swinst swinst 4096 Jan 8 12:00 libxml2
drwxr-xr-x. 2 swinst swinst 4096 Jan 8 12:00 libxslt
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 5712 Jan 8 12:00 memdataset.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2342 Jan 8 12:07 mpe_callstack.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1184 Jan 8 12:06 mpe_graphicsf.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 6083 Jan 8 12:06 mpe_graphics.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 355 Jan 8 12:06 mpe.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1833 Jan 8 12:06 mpe_logf.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 11102 Jan 8 12:07 mpe_log.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2721 Jan 8 12:07 mpe_log_thread.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1322 Jan 8 12:06 mpe_misc.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 102269 Jan 8 12:06 mpi_base.mod
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 45898 Jan 8 12:07 mpi_constants.mod
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 100748 Jan 8 12:07 mpicxx.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 18320 Jan 8 12:07 mpif.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 55767 Jan 8 12:07 mpi.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 158455 Jan 8 12:07 mpi.mod
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1190 Jan 8 12:06 mpiof.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 16710 Jan 8 12:07 mpio.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 9390 Jan 8 12:07 mpi_sizeofs.mod
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 591 Jan 8 12:07 mpix.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 60373 Jan 8 12:00 netcdf.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 29693 Jan 8 12:00 ogr_api.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 20574 Jan 8 12:00 ogr_core.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 17318 Jan 8 12:00 ogr_feature.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 19439 Jan 8 12:00 ogr_featurestyle.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2554 Jan 8 12:00 ogr_geocoding.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 26955 Jan 8 12:00 ogr_geometry.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 6974 Jan 8 12:00 ogr_p.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 17903 Jan 8 12:00 ogrsf_frmts.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 26958 Jan 8 12:00 ogr_spatialref.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 36834 Jan 8 12:00 ogr_srs_api.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 6682 Jan 8 12:07 opa_config.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 5937 Jan 8 12:07 opa_primitives.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 14465 Jan 8 12:07 opa_queue.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 882 Jan 8 12:07 opa_util.h
lrwxrwxrwx. 1 swinst swinst 18 Jan 8 11:58 pngconf.h -> libpng16/pngconf.h
lrwxrwxrwx. 1 swinst swinst 14 Jan 8 11:58 png.h -> libpng16/png.h
lrwxrwxrwx. 1 swinst swinst 21 Jan 8 11:58 pnglibconf.h -> libpng16/pnglibconf.h
drwxr-xr-x. 2 swinst swinst 4096 Jan 8 12:07 primitives
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 6630 Jan 8 12:00 rawdataset.h
drwxr-xr-x. 2 swinst swinst 4096 Jan 8 12:04 theora
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 4927 Jan 8 12:00 thinplatespline.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 35765 Jan 8 12:00 vrtdataset.h
drwxr-xr-x. 21 swinst swinst 274432 Jan 8 12:03 vtk-5.10
drwxr-xr-x. 3 swinst swinst 4096 Jan 8 12:02 wx-2.8
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 54225 Jan 8 12:05 yaml.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 14351 Jan 8 12:00 zconf.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 86076 Jan 8 12:00 zlib.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 14084 Jan 8 12:02 zmq.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3588 Jan 8 12:02 zmq_utils.h
您可以安全地忽略该消息。 python-igraph 尝试将名为 igraphmodule_api.h 的头文件添加到 Python 头文件列表中，以便其他用 C 编写的扩展可以使用 igraph 的一些内部 API。除非您想在 C 中开发另一个 Python 扩展以扩展 Python.
中 igraph 模块的功能，否则您将不需要它
如果该消息让您感到厌烦，您可以编辑 setup.py 并删除引用 igraphmodule_api.h 的行以消除警告。
我正在尝试安装 igraph 0.7。它在集群上，因此必须在我的主目录中完成。我正在使用 pip 并将其指向本地存档。这个过程运行良好，直到结束，当我得到一个权限被拒绝的错误时。
pequodr@labq02 [~/modules] % pip install --user python-igraph-0.7.tar.gz
[LOTS OF OUTPUT CLIPPED]
byte-compiling /home/pequodr/pequodr/.local/lib/python2.7/site-packages/igraph/clustering.py to clustering.pyc
byte-compiling /home/pequodr/pequodr/.local/lib/python2.7/site-packages/igraph/summary.py to summary.pyc
byte-compiling /home/pequodr/pequodr/.local/lib/python2.7/site-packages/igraph/statistics.py to statistics.pyc
byte-compiling /home/pequodr/pequodr/.local/lib/python2.7/site-packages/igraph/compat.py to compat.pyc
running install_headers
creating /soft/python-epd/canopy-1.4.1/include/site
error: could not create '/soft/python-epd/canopy-1.4.1/include/site': Permission denied
----------------------------------------
Cleaning up...
Command /soft/python-epd/canopy-1.4.1/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-_iGu38-build/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-_slLtx-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /soft/python-epd/canopy-1.4.1/include/site/python2.7 --user failed with error code 1 in /tmp/pip-_iGu38-build
Storing debug log for failure in /home/pequodr/pequodr/.pip/pip.log
pequodr@labq02 [~/modules] %
有趣的是，这个包似乎工作正常。我可以导入它并在 python 中使用它。
如何解决这个错误？既然包有效，是不是可以忽略它，或者它稍后会回来困扰我吗？这是什么意思？
编辑
这是ls -l /soft/python-epd/canopy-1.4.1/include/
total 8640
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 4857 Jan 8 12:07 clog_commset.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 696 Jan 8 12:07 clog_const.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 737 Jan 8 12:07 clog_inttypes.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1353 Jan 8 12:07 clog_uuid.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3997 Jan 8 12:00 cpl_atomic_ops.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 627 Jan 8 12:00 cpl_config_extras.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 6397 Jan 8 12:00 cpl_config.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 13436 Jan 8 12:00 cpl_conv.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2871 Jan 8 12:00 cpl_csv.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 5072 Jan 8 12:00 cpl_error.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3478 Jan 8 12:00 cpl_hash_set.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 4148 Jan 8 12:00 cpl_http.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2828 Jan 8 12:00 cplkeywordparser.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2813 Jan 8 12:00 cpl_list.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 6641 Jan 8 12:00 cpl_minixml.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3114 Jan 8 12:00 cpl_minizip_ioapi.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 13825 Jan 8 12:00 cpl_minizip_unzip.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 9758 Jan 8 12:00 cpl_minizip_zip.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 6285 Jan 8 12:00 cpl_multiproc.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 9352 Jan 8 12:00 cpl_odbc.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 21384 Jan 8 12:00 cpl_port.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 2212 Jan 8 12:00 cpl_progress.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 4505 Jan 8 12:00 cpl_quad_tree.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 3569 Jan 8 12:00 cpl_spawn.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 14916 Jan 8 12:00 cpl_string.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 1935 Jan 8 12:00 cpl_time.h
-rw-r--r--. 1 swinst swinst 16181 Jan 8 12:00 cpl_virtualmem.h
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