仅获取 ROI 中的像素，如何？

Question

尝试编写脚本，到目前为止我有一个函数，returns 通过阈值得出 ROI。

PA.setRoiManager(roim)
paOpt = PA.CLEAR_WORKSHEET +PA.SHOW_NONE +PA.INCLUDE_HOLES +PA.EXCLUDE_EDGE_PARTICLES + PA.ADD_TO_MANAGER 
# measurement options: clear the results, show nothing, include holes, exclude particles on edges and add ROIs to manager
measOpt = PA.AREA + PA.MEAN + PA.MIN_MAX # measure the minimum, maximum, mean and area of particles          
pa = PA(paOpt, measOpt, rt, minSize, maxSize)
pa.analyze(imp)
roi_list = roim.getRoisAsArray()
print roi_list[0]

这会向控制台输出：Roi[Traced, x=, y=, width=, height= ] 所以我有信心找到投资回报率。 roim 是 RoiManager 的一个实例。

现在的问题是当我去查看 ROI 内的像素时。

def pixelStats(roiPatch, imp):
  '''
  get the pixel value distribution for the patch ROI 
  return the number of Lo pixels and the number of Ld pixels 
  roi_Patch returns handle to the patch ROI and imp is the 
  instance of current ImagePlus to be measured
  '''
  mask = roiPatch.getMask() # mask of roiPatch, do you need this?
  ip = imp.getProcessor() 
  ip.setRoi(roiPatch)
  cal = imp.getCalibration()
  # options = IS.MEAN | IS.STD_DEV | IS.MODE
  stats = IS.getStatistics(ip, M.MEAN | M.MODE | M.STD_DEV, cal) # what does getCalibration do??? stats for ROI only applied to imp, why?
  # see the following --> http://fiji.sc/Jython_Scripting#Obtain.2FView_histogram_and_measurements_from_an_image
  domThreshold = stats.mode - stats.STD_DEV 
  backGround = stats.MEAN - stats.STD_DEV 
  # define the threshold for Lo/Ld phase 
  pixels = ip.getPixels() 
  above = filter(lambda i: pixels[i] > backGround, xrange(len(pixels)))
  below = filter(lambda i: above[i] < domThreshold, xrange(len(above)))
  # calculate the length of the arrays containing pixels of Lo/Ld phase 
  return len(above), len(below), len(pixels)

查看这个 returns 的测量值，我确信 ip.getPixels() 只是从原始图像处理器返回像素，而不仅仅是 ROI。换句话说，我只是得到了原始“矩形”图像中的像素数。

任何人都可以提供这是为什么的原因吗？或者提出更好的方法来做同样的事情。

Answer 1

我熟悉 Java API 但不熟悉 python 所以我的回答没有经过测试。

方法

ip.getPixels()

正在做我期望的事情并且 returning 所有像素。是否有投资回报率并不影响这一点。您的测量会考虑 ROI，因此均值和众数是根据您设置的 ROI 计算的。

为了解决这个问题，我会裁剪 ip。应该有一个

ip.crop()

将 return 和 ip 考虑到 ROI 的方法，然后您可以调用

ip.getPixels()

只获取ROI中的像素。

仅获取 ROI 中的像素，如何？

Get the pixels in an ROI only, how?

python

jython

roi

imagej

image-segmentation