在 python 丢失内容上查看 DICOM 文件时支持 pydicom 库
Support for pydicom library when viewing DICOM files on python lost content
我正在使用 pydicom 库查看 DICOM 文件,如图 2 所示,但我想计算出数字 3。
我不知道如何去做。
你帮忙指导一下。
我谢谢你
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import pylab
import pydicom
filename = 'newfilename.dcm'
dataset = pydicom.dcmread(filename)
plt.imshow(dataset.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone)
plt.show()
Link image error
您的问题与所谓的"Windowing"有关。由于 DICOM 文件中的灰度范围(通常:-1000...+4000)高于标准显示系统可以显示的灰度范围(0..255),因此将从图像中提取一定范围的灰度.低于该范围的灰度值映射为黑色;高于该范围的灰度值映射为白色。
pylab.cm.bone
说 window 已经过调整以强调骨骼,您发布的图像就是这种情况。我查看了彩色地图的文档,但似乎没有其他值适合我(也许它有助于使用不同的彩色地图)。我建议您根据图像的直方图或图像的 DICOM header 中的 windowing 设置(属性 (0028,1050) 和 ( 0028,1051)。DICOM Standard, Part 3, C.11.2 解释了如何根据 windowing 值计算 LUT。
我正在使用 pydicom 库查看 DICOM 文件,如图 2 所示,但我想计算出数字 3。 我不知道如何去做。 你帮忙指导一下。 我谢谢你
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import pylab
import pydicom
filename = 'newfilename.dcm'
dataset = pydicom.dcmread(filename)
plt.imshow(dataset.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone)
plt.show()
Link image error
您的问题与所谓的"Windowing"有关。由于 DICOM 文件中的灰度范围(通常:-1000...+4000)高于标准显示系统可以显示的灰度范围(0..255),因此将从图像中提取一定范围的灰度.低于该范围的灰度值映射为黑色;高于该范围的灰度值映射为白色。
pylab.cm.bone
说 window 已经过调整以强调骨骼,您发布的图像就是这种情况。我查看了彩色地图的文档,但似乎没有其他值适合我(也许它有助于使用不同的彩色地图)。我建议您根据图像的直方图或图像的 DICOM header 中的 windowing 设置(属性 (0028,1050) 和 ( 0028,1051)。DICOM Standard, Part 3, C.11.2 解释了如何根据 windowing 值计算 LUT。