如何更改马赛克图的调色板

Question

我有以下数据和代码：

> mat <- matrix(c(120,230,84,70,130,83,13,26,18),3)
> dimnames(mat) <- list(c("good","fair","poor"),c("a","b","c"))
> mat

> mat
       a   b  c
good 120  70 13
fair 230 130 26
poor  84  83 18
> 
> chisq.test(mat)

        Pearson's Chi-squared test

data:  mat
X-squared = 11.411, df = 4, p-value = 0.02231

> library(vcd)
> mosaic(mat, shade=T)

卡方检验显示显着差异但看不到颜色，因为残差很小。残差较高时，可以看到颜色：

?mosaic 显示此信息：

highlighting_fill: color vector or palette function used for a highlighted variable, if any.

如何更改上图的填充颜色？

Answer 1

没有真正优雅的解决方案，但您可以使用 gpar

手动定义颜色

mosaic(mat, shade=T, colorize = T, gp = gpar(fill=matrix(c("red","blue","light green", "green", "black","red","brown","white","blue"), 3, 3)))

下一步是用合理的颜色填充 gpar 中的矩阵。关于如何根据值分配色带，这里有一个非常好的 post。

Answer 2

默认情况下，vcd 中马赛克图的阴影使用截止值 2 和 4 作为 Friendly（1994， 建议的与每个单元格相关的残差的绝对值美国统计协会杂志, 89, 190-200)。这背后的想法是，如果模型拟合良好（由于残差的近似正态性），这些截止值应该与大约 5% 和 0.01% 交叉。然而，这些截止值对应于细胞的个体显着性，而卡方检验评估整体显着性。

有两种策略可以解决这个问题：(1) 由于 Friendly (1994) 阴影旨在带出偏差的模式而不是直接对应 significance，可以简单地将截止值修改为适用于给定 table 的较低值（例如，此处的 1 和 1.8）。 (2) 切换到最大绝对残差（而不是它们的平方和）的检验，以便所有在特定显着性水平（例如 10% 和 1%）下显着的单元格都可以被遮蔽。这两种策略都在 vcd 中实现，并在 ?shading_hcl 的示例中进行了说明（使用与您的 mat 具有非常相似属性的示例）。 Zeileis、Meyer、Hornik (2007) 对基本思想进行了解释。 "Residual-Based Shadings for Visualizing (Conditional) Independence"、计算和图形统计杂志、16(3)，507-525。 doi:10.1198/106186007X237856

可以通过以下方式将策略 (1) 应用于您的数据：

mosaic(mat, gp = shading_hcl, gp_args = list(interpolate = c(1, 1.8)))

策略（2）实现为：

set.seed(403)
mosaic(mat, gp = shading_max)

如何更改马赛克图的调色板

How to change color palette of mosaic plot

r

plot

colors

fill