jupyterlab 交互图

Question

使用旧的 Jupyter 笔记本，我可以通过以下方式创建交互式图表：

import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib notebook
x = [1,2,3]
y = [4,5,6]
plt.figure()
plt.plot(x,y)

然而，在 JupyterLab 中，这给出了一个错误：

JavaScript output is disabled in JupyterLab

我也试过魔术（安装了jupyter-matplotlib）：

%matplotlib ipympl

但那只是 returns:

FigureCanvasNbAgg()

内联图有效，但它们不是交互式图：

%matplotlib inline

Answer 1

根据，这是由于 Node.js 未安装造成的。

Answer 2

要启用 jupyter-matplotlib 后端，请使用 matplotlib Jupyter magic：

%matplotlib widget
import matplotlib.pyplot as plt
plt.figure()
x = [1,2,3]
y = [4,5,6]
plt.plot(x,y)

这里有更多信息jupyter-matplotlib on GitHub

Answer 3

JupyterLab 3.0+

安装 jupyterlab 和 ipympl.

pip 用户：

pip install --upgrade jupyterlab ipympl

conda 用户：

conda update -c conda-forge jupyterlab ipympl

重启 JupyterLab。

用 header:

修饰包含绘图代码的单元格

%matplotlib widget

# plotting code goes here

JupyterLab 2.0

安装nodejs，例如conda install -c conda-forge nodejs.
安装ipympl，例如conda install -c conda-forge ipympl.
[可选，但推荐。]更新 JupyterLab，例如
conda update -c conda-forge jupyterlab==2.2.9==py_0.
[可选，但推荐。] 对于本地用户安装，运行:
export JUPYTERLAB_DIR="$HOME/.local/share/jupyter/lab".

安装扩展：

 jupyter labextension install @jupyter-widgets/jupyterlab-manager
 jupyter labextension install jupyter-matplotlib

启用小部件：jupyter nbextension enable --py widgetsnbextension。
重启 JupyterLab。
用%matplotlib widget装饰。

Answer 4

这个 solution 在 jupyterlab 中有效

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from IPython.display import clear_output


n = 10
a = np.zeros((n, n))
plt.figure()

for i in range(n):
    plt.imshow(a)
    plt.show()
    a[i, i] = 1
    clear_output(wait=True)

Answer 5

JupyterLab 3 的步骤*

我以前曾多次使用 Mateen's ，但是当我使用 JupyterLab 3.0.7 尝试它们时，我发现 jupyter labextension install @jupyter-widgets/jupyterlab-manager 返回了一个错误并且我损坏了小部件。

经过大量的头痛和谷歌搜索后，我想我会 post 为任何发现自己在这里的人提供解决方案。

现在简化了这些步骤，我可以通过以下方式重新开始交互式绘图：

pip install jupyterlab
pip install ipympl
装饰 %matplotlib widget

第 2 步将自动处理其余的依赖项，包括替换（现在折旧？）@jupyter-widgets/jupyterlab-manager

希望这能为其他人节省一些时间！

Answer 6

总结

在复杂的设置中，jupyter-lab 进程和 Jupyter/IPython 内核进程运行在不同的 Python 虚拟环境中，注意与 Jupyter 相关的 Python 包和 Jupyter 扩展（例如 ipympl、jupyter-matplotlib）版本及其在环境之间的兼容性。

即使在单个 Python 虚拟环境中，也要确保您遵守 ipympl compatibility table.

例子

几个示例如何运行 JupyterLab。

简单（st）

我想，运行 JupyterLab 最简单的跨平台方式是从 Docker 容器中运行安装它。您可以像这样构建运行 JupyterLab 3 容器。

docker run --name jupyter -it -p 8888:8888 \
  # This line on a Linux- and non-user-namespaced Docker will "share"
  # the directory between Docker host and container, and run from the user.
  -u 1000 -v $HOME/Documents/notebooks:/tmp/notebooks \
  -e HOME=/tmp/jupyter python:3.8 bash -c "
    mkdir /tmp/jupyter; \
    pip install --user 'jupyterlab < 4' 'ipympl < 0.8' pandas matplotlib; \
    /tmp/jupyter/.local/bin/jupyter lab --ip=0.0.0.0 --port 8888 \
      --no-browser --notebook-dir /tmp/notebooks;
  "

当它完成时（这需要一段时间），终端中最底部的行应该是这样的。

    To access the server, open this file in a browser:
    ...
        http://127.0.0.1:8888/lab?token=abcdef...

您只需单击 link，JupyterLab 就会在您的浏览器中打开。关闭 JupyterLab 实例后，容器将停止。您可以使用 docker start -ai jupyter.

重新启动它

复杂

这种GitHub Gist illustrates the idea how to build a Python virtual environment with JupyterLab 2 and also building all required extensions with Nodejs in the container, without installing Nodejs on host system. With JupyterLab 3 and pre-build extensions这种方法变得不那么重要了。

上下文

我今天在调试 JupyterLab 2 中不工作的 %matplotlib widget 时抓耳挠腮。我有单独的预构建 JupyterLab venv（如上所述），它将本地 JupyterLab 作为 Chromium“应用程序模式”（即c.LabApp.browser = 'chromium-browser --app=%s' 在配置中），以及来自具有特定依赖项（很少更改）的简单 Python venvs 的一些 IPython 内核和一个将自身公开为 IPython 内核的应用程序。交互式“小部件”模式的问题以不同的方式表现出来。

例如，有

在 JupyterLab“主机”venv 中：jupyter-matplotlib v0.7.4 扩展和 ipympl==0.6.3
在内核venv中：ipympl==0.7.0和matplotlib==3.4.2

在浏览器控制台中我遇到了这些错误：

Error: Module jupyter-matplotlib, semver range ^0.9.0 is not registered as a widget module
Error: Could not create a model.
Could not instantiate widget

在 JupyterLab UI:

%matplotlib widget 重启成功
图表卡在“正在加载小部件...”中
带有图表输出的单元格运行上没有任何内容
在之前的尝试中 %matplotlib widget 可能会引发类似 KeyError: '97acd0c8fb504a2288834b349003b4ae'

在浏览器控制台的内核 venv 中降级 ipympl==0.6.3：

Could not instantiate widget
Exception opening new comm
Error: Could not create a model.
Module jupyter-matplotlib, semver range ^0.8.3 is not registered as a widget module

一旦我根据 ipympl compatibility table 制作了 packages/extensions:

在 JupyterLab“主机”venv 中：jupyter-matplotlib v0.8.3 扩展，ipympl==0.6.3
内核中的venv:ipympl==0.6.3,matplotlib==3.3.4

它或多或少按预期工作。好吧，除了我在图表的每个单元格中放置 %matplotlib widget 之外，还有很多小故障，比如在重新启动时，第一个图表“累积”笔记本中所有图表的所有内容。每个单元格 %matplotlib widget，一次只有一个图表处于“活动”状态。并且在重新启动时仅呈现最后一个小部件（但手动重新运行单元修复）。

jupyterlab 交互图

jupyterlab interactive plot

python

matplotlib

jupyter-lab

JupyterLab 3.0+

JupyterLab 2.0

JupyterLab 3 的步骤*

总结

例子

简单（st）

复杂

上下文