从 R 中的数据范围生成热图

Question

我在 R 中生成了一个数据帧列表（名为 "trans"）。每个列表有 3 列：斜率、开始和停止。以下是一小部分数据：

> trans
$a
          slope       start       stop
1  0.0006718865 -0.85576923 -1.0000000
2 -0.0005769719 -0.65384615 -0.8557692
3  0.0000698207 -0.50000000 -0.6538462
4 -0.0001124370 -0.26923077 -0.5000000
5  0.0005659248 -0.03846154 -0.2692308

$b    
          slope       start       stop
1  5.689229e-04 -0.85148515 -1.0000000
2 -1.613771e-04 -0.23762376 -0.8514851
3  9.879804e-05 -0.03960396 -0.2376238

在每一行中，"slope" 是感兴趣的值，而 "start" 和 "stop" 表示该斜率存在的范围。所有数据帧的 "start" 和 "stop" 值大约从 -0.04 到 -1。我的数据框有不同的行数。

我想绘制整个 -0.04:-1 范围内的不同斜率（最好是热图），这样热图的每一行都代表我列表中的每个数据帧。有没有一种优雅的方法可以使用我生成的当前信息集来执行此操作？我能想到的唯一解决方案是将每个数据框转换为 2 列，其中每个开始-停止范围内的每个值（小数点后 10^10 位！）都列在一列中，该范围内的斜率列在另一列。

我对 gplots 包中的 heatmap.2 非常熟悉，但想知道像这样的情节是否是我必须从头开始制作的东西。

Answer 1

我猜你的目标是什么，但我认为你可以通过 ggplot2::geom_rect() 来实现。

a <- read.table(textConnection("
slope       start       stop
1  0.0006718865 -0.85576923 -1.0000000
2 -0.0005769719 -0.65384615 -0.8557692
3  0.0000698207 -0.50000000 -0.6538462
4 -0.0001124370 -0.26923077 -0.5000000
5  0.0005659248 -0.03846154 -0.2692308
"))

b <- read.table(textConnection("
slope       start       stop
1  5.689229e-04 -0.85148515 -1.0000000
2 -1.613771e-04 -0.23762376 -0.8514851
3  9.879804e-05 -0.03960396 -0.2376238"))


trans <- list(a = a,b = b)

trans2 <- do.call(rbind, lapply(seq_along(trans),function(x) cbind(trans[[x]],name = x)))


require(ggplot2)

ggplot(trans2, aes(xmin = name, xmax = (name+1),
                   ymin = start, ymax = stop,
                   fill = slope)) +
  geom_rect() +
  scale_x_continuous(breaks = seq_along(trans)+.5, labels = names(trans))

结果：

从 R 中的数据范围生成热图

Generating a Heatmap From Data Range in R

r

continuous

spectrum

heatmap

gplots