Paraview 脚本导出 CSV 文件中的位置

Question

我有 vtk 个数值模拟文件，我通常使用 ParaView 进行可视化。我想在 LaTeX 文档中绘制一些结果。为此，我喜欢使用 CSV 文件。好处是 Paraview 可以将数据导出到 CSV 文件中。因此，我能够将可变密度的完整时间序列导出到一系列 CSV 个文件中。

但是，我想将该职位包含在这些 CSV 文件中。

这是我现在可以做的事情：

#### import the simple module from the paraview
from paraview.simple import *
import os 
#### disable automatic camera reset on 'Show'
paraview.simple._DisableFirstRenderCameraReset()


### MY VARIABLES
Folder_output='E:\My Documents\VTKfiles'
FileNames_list=[os.path.join(Folder_output, f) for f in os.listdir(Folder_output) if os.path.isfile(os.path.join(Folder_output, f))]
nb_tStep=len(FileNames_list)
Arrays_out_list=[ 'Structured Coordinates:0', 'Structured Coordinates:1' ,' Structured Coordinates:2', 'density',]
CSV_File_Names='E:/My Documents/Results'


for t in range(0,nb_tStep):
    output_LBM_ = LegacyVTKReader(FileNames=FileNames_list[t] )

    ####
    PassArrays1 = PassArrays() 
    PassArrays1.PointDataArrays =  Arrays_out_list
    source = PassArrays1 
    writer = CreateWriter(CSV_File_Names+"{}.csv".format(t), source)
    writer.FieldAssociation = "Points" # or "Cells" 
    writer.UpdatePipeline() 
    del writer

Answer 1

有（至少）三个选项可以使用 Paraview or/and VTK APIs.

从 VTK 遗留文件中检索您的点和变量

使用 Paraview API

from paraview.simple import *
cylindervtk = LegacyVTKReader(FileNames=['./cylinder.vtk'])
SaveData('./output.csv', proxy=cylindervtk)

和运行它使用pvpython:

pvpython vtk_output_csv.py

您将获得一个类似于此的 CSV 文件：

"density","Points:0","Points:1","Points:2"
1.2,0.5,0.5,0
1.2,0.5,-0.5,0
1.2,0.40451,0.5,-0.29389
1.2,0.40451,-0.5,-0.29389
1.2,0.15451,0.5,-0.47553
1.2,0.15451,-0.5,-0.47553
1.2,-0.15451,0.5,-0.47553
1.2,-0.15451,-0.5,-0.47553
1.2,-0.40451,0.5,-0.29389
1.2,-0.40451,-0.5,-0.29389
1.2,-0.5,0.5,-6.1232e-17
...

稍后您可以在脚本（Python 或其他任何东西）上使用它来执行一些 post 处理或绘图操作。

使用 Paraview 和 VTK APIs

虽然第一个选项很简洁，但是你必须把你的数据写到你的硬盘上，而且你可能需要稍后重新加载它们。如果您只想在一个 python 脚本中执行 post 处理或绘图操作，那么您就是在白白地在硬盘驱动器上写入临时数据。

以下代码利用了 numpy integration with VTK。它使您能够将坐标和点数据加载到 numpy 数组中，并在最后将它们导出到 CSV 文件（或其他任何文件）中：

from paraview.simple import *
from vtk.numpy_interface import dataset_adapter as dsa
import numpy as np

#Paraview reader
pv_reader = LegacyVTKReader(FileNames=['./cylinder.vtk'])

#Fetch the reader data and store them locally into a VTK object
vtk_data = servermanager.Fetch(pv_reader)

#Wrap the vtk_data VTK object to get the coordinates and PointData as numpy arrays
vtk_dataset_adapter = dsa.WrapDataObject(vtk_data)

coords = vtk_dataset_adapter.GetPoints()
density = vtk_dataset_adapter.PointData['density']

data_export = np.column_stack((coords,density))

header = "X Y Z density"
np.savetxt("output2.csv", data_export, header = header)

仅使用 VTK API

最后一个与第二个非常相似，但它只使用 VTK API:

import vtk
from vtk.numpy_interface import dataset_adapter as dsa
import numpy as np

#PolyDataReader must be modified depending on the type of the Legacy VTK input type
reader = vtk.vtkPolyDataReader()
reader.SetFileName("cylinder.vtk")
reader.ReadAllFieldsOn()
reader.Update()
vtk_data = reader.GetOutput()

vtk_dataset_adapter = dsa.WrapDataObject(vtk_data)

coords = vtk_dataset_adapter.GetPoints()
density = vtk_dataset_adapter.PointData['density']

data_export = np.column_stack((coords,density))

header = "X Y Z density"
np.savetxt("output3.csv", data_export, header = header)

这个解决方案可能很有趣，因为它只有 VTK 作为依赖项，但也可以与 Paraview 附带的 pvpython 一起使用，因为 VTK 是 Paraview 的依赖项。

Paraview 脚本导出 CSV 文件中的位置

Paraview script to export position in a CSV file

python

csv

paraview

使用 Paraview API

使用 Paraview 和 VTK APIs

仅使用 VTK API