RDKit 如何从指纹更改为 Mol 或 Smiles

Question

我正在对 Smiles 文件中的许多分子进行聚类。我阅读它们，将它们转换为 mols，然后将它们转换为 Morgan Fingerprints，我用它来计算相似度，然后进行聚类。

不过我想将聚类结果输出到文件中。理想情况下，这是以 Smiles 格式完成的，以便可以再次阅读以进行评估。

请问如何实现？

Answer 1

我找到的唯一方法是获取列表 Smiles，将它们转换为 Mols，然后再转换为 Fingerprints。指纹和分子的列表具有相同的大小和顺序，因此

指纹[0] ==摩尔[0]

就它们所代表的分子而言。聚类指纹 returns 指纹在列表中的索引，因此索引可用于从 Mol 列表中检索分子。

我不认为这是最干净的解决方案，但有效。