从 emmeans 中的成对对比中提取概率

Question

我正在尝试在 glm 与二项式 dv 之后执行成对比较，并且 emmeans 报告优势比，而我需要概率差异。

library(magrittr)
library(emmeans)

glm(
  am ~  wt * factor(vs), 
  family = binomial(),
  data = mtcars
) %>% 
  emmeans(
~ vs | wt, at = list(wt = seq(2.6, 3.6, length.out = 10))
  ) %>% 
  pairs(type = "response")

returns

wt = 2.6:
 contrast odds.ratio         SE  df z.ratio p.value
 0 / 1     668.84887 3388.29452 Inf   1.284  0.1991

wt = 2.71111111111111:
 contrast odds.ratio         SE  df z.ratio p.value
 0 / 1     453.70452 2028.70137 Inf   1.368  0.1713

Answer 1

在 pairs() 之前添加 %>% regrid()。 regrid() 调用将所有结果反向转换为一组新的 EMM，就好像从未发生过转换一样。

请参阅有关转换的小插图。

从 emmeans 中的成对对比中提取概率

Extract probabilities from pairwise contrast in emmeans

r

glm

lsmeans

emmeans