腰带、散点图和统计值

Question

我在 cummerbund 工作，处理来自 RNA-Seq 分析的 cuffdiff 文件。我制作了一个有两个条件的散点图，但我想查看我的数据的去相关值。可能吗？有执行此操作的命令吗？任何的想法？谢谢！！

Answer 1

我搜索了去相关，但没有发现任何重要的东西，我猜你指的是相关性。

您正在查找 cor 函数。只需在 r 中输入 ?cor 即可获得信息。这是一个例子。

> cor(1:5,1:5)
[1] 1
> cor(1:5,5:1)
[1] -1

Answer 2

这是从关于同一件事的 seqanswers 线程中截取的。

假设您的工作目录包含一个 cuffdiff 输出目录，比如 cuffdiff_out。然后你可以运行这个来找到FPKM值的相关性。

cuff_data <- readCufflinks("cuffdiff_out/")
m <- fpkmMatrix(genes(cuff_data))
cor(m[, 1], m[, 2])

cummerbund, scatterplots and a statistical value