在 ggplot2 中创建一个显示平均值的分组条形图（我不想手动输入）

Question

我正在尝试创建一个分组条形图，显示我输入的数据的平均值，同时我想让它易于重现，以便我可以交换其他数据集类似地排列。我不想手动计算平均值并将其输入数据框中 - 有没有办法做到这一点？

我的数据由 100 - 2000 之间的数值组成，分为 3 个不同的药物治疗组，然后再分为 3 组（根据它们在生物体中的解剖位置，称为 "Inner"、"Middle", "Outer").最终图应该是 3 组 3 个条（每个代表 3 个位置中每个位置的细胞存活平均值）。到目前为止，我已经设法制作了单独的条形图，但我想将它们组合起来。

这是我的一些代码，下面是数据集的一小段摘录：

 ggplot(Survival, aes(Treatment, Inner)) +
stat_summary(fun.y = mean,
             geom = "bar",
             position = "dodge")

Treatment   Inner   Middle  Outer
RAD          317    373      354
RAD          323    217      174
RAD          236    255      261
HUTS        1411    1844     1978
HUTS        1922    1756     1856
HUTS        1478    1711     1433
RGD         1433    1489     1633
RGD         1400    1500     1544
RGD         1222    1333     1444

Answer 1

这里有两个选项：一个使用 dplyr 中的 group_by 和 summarise 来计算均值，然后通过管道输入 ggplot 来制作闪避条。第二个像您的示例代码一样使用 stat_summary 。两者都需要 gather 将您的数据转换为长格式。

library(tidyverse)

df %>%
  gather(key = group, value = value, -Treatment) %>%
  group_by(Treatment, group) %>%
  summarise(mean_val = mean(value, na.rm = T)) %>%
  ggplot(aes(x = Treatment, y = mean_val, fill = group)) +
    geom_col(position = position_dodge())

df %>%
  gather(key = group, value = value, -Treatment) %>%
  ggplot(aes(x = Treatment, y = value, fill = group)) +
    stat_summary(fun.y = mean, geom = "col", position = position_dodge())

在 ggplot2 中创建一个显示平均值的分组条形图（我不想手动输入）

Creating a grouped barplot in ggplot2 showing mean values (that I do not want to enter manually)

r

mean

grouped-table

bar-chart

ggplot2