关闭一个打开的 h5py 数据文件

Question

在我们的实验室中，我们通过 python 包 h5py.

将数据存储在 hdf5 文件中

在实验开始时，我们创建一个 hdf5 文件并在文件中存储数据数组后的数组（除其他外）。当实验失败或中断时，文件未正确关闭。因为我们的实验运行来自 iPython，所以对数据对象的引用仍然（某处）在内存中。

有没有办法扫描所有打开的 h5py 数据对象并关闭它们？

Answer 1

这是如何完成的（我不知道如何无例外地检查文件的封闭性，也许你会发现）：

import gc
for obj in gc.get_objects():   # Browse through ALL objects
    if isinstance(obj, h5py.File):   # Just HDF5 files
        try:
            obj.close()
        except:
            pass # Was already closed

另一个想法：

Dpending 你如何使用这些文件，像这样使用上下文管理器和with关键字怎么样？

with h5py.File("some_path.h5") as f:
   f["data1"] = some_data

当程序流退出with-block时，无论发生什么情况，包括异常等，文件都会关闭

Answer 2

pytables（h5py 使用）跟踪所有打开的文件并提供一种简单的方法 force-close 所有打开的 hdf5 文件。

import tables
tables.file._open_files.close_all()

该属性 _open_files 也有一些有用的方法可以为您提供打开文件的信息和处理程序。

Answer 3

我发现 hFile.bool() returns 如果打开则为真，否则为假。这可能是最简单的检查方法。换句话说，这样做：

hFile = h5py.File(path_to_file)
if hFile.__bool__():
       hFile.close()

关闭一个打开的 h5py 数据文件

Close an open h5py data file

python

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