将数据从 postgres 导入到 cytoscape

Question

我一直在尝试将一些 gis 数据从 postgis 数据库加载到 Cytoscape 3.6 中。我正在尝试获取一些 inDegree 和 outDegree 值我使用了 sif 文件格式。

只要按照以下格式写出数据即可

source_point\tinteracts with\ttarget_point

Cytoscape 很高兴阅读它。

我只是想知道是否有关于在 source_point 和 target_point

之间到达成本的我自己的指标

Answer 1

好的！有几种方法可以将文本文件读入 Cytoscape——SIF 只是其中之一。我会创建一个看起来像 SIF 的文件，但实际上是一个更完整的文本文件：

Source\tTarget\tScore
source_point\ttarget_point\t1.1
...

然后使用"File->Import Network->File"，选择你的源和目标，并将分数作为边缘属性。您可以在每行上添加任意数量的属性，甚至可以混合使用边属性、源节点属性和目标节点属性。

-- 滑板车

Importing data from postgres to cytoscape