Cython 尝试编译两次，但失败了

Question

我有一个 setup.py 文件，与此处显示的文件非常相似：。看起来像这样：

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

sources = ["hs/subfolder/detect.pyx",
           "hs/subfolder/Donline.cpp",
           "hs/subfolder/Handler.cpp",
           "hs/subfolder/Process.cpp",
           "hs/subfolder/Filter.cpp",
           "hs/subfolder/Localize.cpp"]

exts = [Extension(name='hs.detect',
                  sources=sources,
                  extra_compile_args=['-std=c++11', '-O3'],
                  include_dirs=[numpy.get_include()])]

setup(
    ext_modules=cythonize(exts),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)

有一个包含一些纯 Python 的包，以及一个包含 Cython 文件的子模块。 setup.py 在父文件夹中，不在 Cython 文件夹中：

setup.py
hs/
    some_python.py
    subfolder/
        detect.pyx
        Donline.cpp
        ...etc

现在，setup.py 正确编译所有文件 module/submodule/file1.cpp 等并将构建保存到 build/temp.linux-x86_64-3.6/module/submodule/file1.o。然而，就在这之后，它试图编译一个名为 file1.cpp 的文件，该文件不存在（正确的是 module/submodule/file1.cpp，并且已经被编译）。

gcc -pthread -Wno-unused-result -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -Ihs/subfolder -I/[...]/python3.6/site-packages/numpy/core/include -I/[...]/python3.6/site-packages/numpy/core/include -I/[...]/include -I/disk/scratch/miniconda/envs/my_default/include/python3.6m -c Donline.cpp -o build/temp.linux-x86_64-3.6/Donline.o -std=c++11 -O3
gcc: error: Donline.cpp: No such file or directory
gcc: fatal error: no input files
compilation terminated.
error: command 'gcc' failed with exit status 4

我很困惑，这完全阻止了我的代码编译...

Answer 1

原来 .pyx 文件包含一行

# distutils: sources = Donline.cpp Handler.cpp Process.cpp Filter.cpp Localize.cpp

告诉 distutils 要编译什么。我不知道它，因为它看起来非常像一条注释掉的行，所以我没有意识到它在那里。

Cython 尝试编译也这些，而不是 setup.py 文件中包含的那些，即两个源列表都没有覆盖另一个。显然，这些来源尽管在子文件夹中的 pyx 文件中列出，但预计位于相对于 setup.py 文件所在文件的路径中，或者可能相对于我正在调用的文件夹 python 来自.

无论如何，删除该行解决了问题。

Cython 尝试编译两次，但失败了

Cython attemps to compile twice, and fails

python

compilation

cython

setup.py