Bioconductor、R 版本和本地安装

Question

我需要安装 Bioconductor。我试图在两个系统之一上获得它；我在实时 c运行ch 下，每个解决方法都失败了。

系统 1：Centos 7 服务器，R v3.4.2（无法获取 R v3.5.0，因为服务器没有 libreadline-dev 软件包；单独的问题）

运行 source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
- 问题：我无法以 root 身份安装它。我找不到在本地安装它的方法。将 lib="/my/local/dirpath" 添加到 source() 函数是不正确的语法，并且通过阅读 source() 的联机帮助页我无法弄清楚。

系统 2：我的个人计算机，运行ning Win10，我也有 Linux 子系统。我使用 "installr" 包将 R v3.3.1 更新为 3.5.0。

1. 运行 source() 命令如上。
  - 最新错误：lib = "C:/Program Files/R/R-3.5.0/library is not writeable。想使用个人图书馆吗？是的，我愿意。我已经创建了一个。我将它添加到 .libPaths。我不知道如何将它添加到 source() 函数中。
1. 上一个错误：BiocInstaller 版本太旧...
  - 对于那个错误，我尝试按照 Bioconductor install page 上的说明进行操作。 remove.packages("BiocInstaller", lib=.libPaths()) 然后运行 source(...) 再次。然后我得到错误 "BiocInstaller" 包不存在。 install.packages("BiocInstaller", lib="my/local/dirpath") 告诉我 package 'BiocInstaller' is not available (for R version 3.5.0)。

当我尝试在我的 Centos 系统上以相同的方式安装 BiocInstaller 时，我遇到了同样的错误（软件包不适用于 R 版本 3.4.2）。

看在所有善良和圣洁的人的份上，请哪位善良和知识渊博的人在这里给我一些建议？已经两天了，时间在流逝，我已经无计可施了。我觉得我已经尝试了一切。我会很感激你的帮助。

Answer 1

系统 1. 确保 .libPaths()[1] 是可写位置。

System 2. Part 1. 你的可写位置在.libPaths()的第一个位置吗？不可写位置是否存在现有版本的 BiocInstaller？第 2 部分。'BiocInstaller' 来自 Bioconductor 存储库，而不是 CRAN；您需要知道您尝试使用的版本的 Bioconductor 存储库的正确位置。找到它的最好方法是让 source() 命令起作用。 biocLite() 是 install.packages() 的包装，文档 ?install.packages() 中的关键行是

lib: character vector giving the library directories where to
      install the packages.  Recycled as needed.  If missing,
      defaults to the first element of '.libPaths()'.

请在 https://support.bioconductor.org (here's the cross-post, I think https://support.bioconductor.org/p/109184/)

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