用 R 中的相同值过滤矩阵

Question

我有一个矩阵 1014*100。我只需要 p.value< 0.05 的行，所以我尝试以不同的方式过滤我的矩阵。

        TCGA.A7.A0CE.01A.11R.A00Z.07  TCGA.A7.A0CE.11A.21R.A089.07
hsa04014                 0.0010059007                 0.0009569162
hsa04010                 0.0007198587                 0.0006481671
hsa04015                 0.0008544083                 0.0006697753

第一种方式：

threshold<-0.05
matrix2<-my_matrix[apply(my_matrix,1,min)<threshold,]

输出是一个 463*100 矩阵，但有些行 p.value > 0.05。

第二种方式：

matrix2 <-NULL

for(i in 1:1014){
  n<- my_matrix[[i]]
  for(i in 1:100){
    if(n[[i]] < 0.05){
       n[[i]]<-i
  }
  else{
    n[[i]] <- NA
    } }
  matrix2<- rbind(matrix2, n)
}

有问题，我觉得在if。有没有人可以帮助我？提前致谢。

Answer 1

您的解决方案对我来说效果很好，但也许我没有正确创建 data.frame。您可以使用您的方法分 1 步完成，也可以分 2 步完成，在其中创建一个存储最小值的列，然后根据该列进行过滤。

my_matrix <- data.frame(
  TCGA.A7.A0CE.01A.11R.A00Z.07 = c(0.051, 0.09, 0.04),
  TCGA.A7.A0CE.11A.21R.A089.07 = c(0.06, 0.01 , 0.067)
)
row.names(my_matrix) <- c("hsa04014","hsa04010","hsa04015")

threshold<-0.05

## In 1 step (your solution):
my_matrix[(apply(my_matrix,1,min)) < threshold,]

## In 2 steps:
my_matrix$min <- as.numeric(apply(my_matrix,1,min))
my_matrix[my_matrix$min < threshold,]

用 R 中的相同值过滤矩阵

Filtering a matrix by the same value in R

r

matrix

filter

submatrix