在 R 中聚合 NA

Question

我在计算聚合均值时遇到了处理 NA 的问题。请看以下代码：

tab=data.frame(a=c(1:3,1:3), b=c(1,2,NA,3,NA,NA))
tab
  a  b
1 1  1
2 2  2
3 3 NA
4 1  3
5 2 NA
6 3 NA

attach(tab)
aggregate(b, by=list(a), data=tab, FUN=mean, na.rm=TRUE)
  Group.1   x
1       1   2
2       2   2
3       3 NaN

如果向量全部为 NA，我想要 NA 而不是 NaN，即我希望输出为

  Group.1   x
1       1   2
2       2   2
3       3  NA

我尝试使用自定义函数：

adjmean=function(x) {if(all(is.na(x))) NA else mean(x,na.rm=TRUE)}

但是，我收到以下错误：

aggregate(b, by=list(a), data=tab, FUN=adjmean)

Error in FUN(X[[1L]], ...) : 
  unused argument (data = list(a = c(1, 2, 3, 1, 2, 3), b = c(1, 2, NA, 3, NA, NA)))

简而言之，如果该列包含所有 NA，我希望将 NA 作为输出而不是 NaN。如果它的 NA 很少，那么它应该计算忽略 NA 的平均值。

如有任何帮助，我们将不胜感激。

谢谢

Answer 1

这与您所拥有的非常接近，但是将 mean(x, na.rm=TRUE) 替换为自定义函数，该函数计算非 NA 值的平均值，或提供 NA 本身：

R> with(tab, 
        aggregate(b, by=list(a), FUN=function(x) 
             if (any(is.finite(z<-na.omit(x)))) mean(z) else NA))
  Group.1  x
1       1  2
2       2  2
3       3 NA
R>

那确实是一行，但我将其分解以使其适合 SO 显示。

你已经有了类似的想法，但我对函数做了更多的改动，以 return 适合所有情况的值。

Answer 2

你的功能没有问题。是的错误是您在 aggregate 的默认方法中使用了一个不存在的参数：

adjmean = function(x) {if(all(is.na(x))) NA else mean(x,na.rm=TRUE)}
attach(tab)  ## Just because you did it. I don't recommend this.

## Your error
aggregate(b, by=list(a), data=tab, FUN=adjmean)
# Error in FUN(X[[i]], ...) : 
#   unused argument (data = list(a = c(1, 2, 3, 1, 2, 3), b = c(1, 2, NA, 3, NA, NA)))

## Dropping the "data" argument
aggregate(b, list(a), FUN = adjmean)
#   Group.1  x
# 1       1  2
# 2       2  2
# 3       3 NA

如果您想使用 data 参数，您应该对 aggregate 使用 formula 方法。但是，此方法对 NA 的处理方式不同，因此您需要一个额外的参数，na.action.

示例：

detach(tab) ## I don't like having things attached
aggregate(b ~ a, data = tab, adjmean)
#   a b
# 1 1 2
# 2 2 2
aggregate(b ~ a, data = tab, adjmean, na.action = na.pass)
#   a  b
# 1 1  2
# 2 2  2
# 3 3 NA

在 R 中聚合 NA

Aggregate NAs in R

aggregate

r

nan

na