使用摘要从 R 编写 .bib 文件

Question

我有 .bib 文件（从 web of science 下载），我想将其导入 R，将 "in light of" 的所有实例替换为 "CONSIDERING"，并将其导出为 .bib 文件.我一直无法找到可以将我的数据写回 .bib 文件的函数。 WriteBib 不起作用，因为 refs 是一个 "pairlist" 对象，而不是 "bibentry"。关于如何导出可以导入 Mendeley 的 .bib 文件的任何建议？感谢您的帮助！

代码如下：

library(bibtex)
library(RefManageR)

refs = do_read_bib("/Users/CarrieAnn/Downloads/savedrecs (1).bib", encoding = "unknown", srcfile)

for (i in 1:length(refs)) {
  refs[[i]] = gsub("in light of", "CONSIDERING", refs[[i]])
}

Answer 1

我认为最简单的选择是将 .bib 文件视为普通文本文件。试试这个：

raw_text  <- readLines("example.bib")
new_text  <- gsub("in light of", "CONSIDERING", raw_text)
writeLines(new_text, con="new_example.bib")

example.bib 的内容：

%  a sample bibliography file
%  

@article{small,
author = {Doe, John},
title = {A small paper},
journal = {The journal of small papers},
year = 1997,
volume = {-1},
note = {in light of recent events},
}

@article{big,
author = {Smith, Jane},
title = {A big paper},
journal = {The journal of big papers},
year = 7991,
volume = {MCMXCVII},
note = {in light of what happened},
}

new_example.bib 的输出：

%  a sample bibliography file
%  

@article{small,
author = {Doe, John},
title = {A small paper},
journal = {The journal of small papers},
year = 1997,
volume = {-1},
note = {CONSIDERING recent events},
}

@article{big,
author = {Smith, Jane},
title = {A big paper},
journal = {The journal of big papers},
year = 7991,
volume = {MCMXCVII},
note = {CONSIDERING what happened},
}

一点解释：
BibEntry 对象具有非标准的内部结构，并且在 RefManageR 包中提供的功能之外难以使用。一旦您 unclass 或将 BibEntry 对象缩减为列表，就很难将其恢复为 bib 格式，因为对象需要混合字段和属性。（更糟糕的是，bibtex 和 RefManageR 没有完全相同的内部结构，因此很难从一种上下文转换到另一种上下文。）

Answer 2

尝试像这样更改代码（确保使用 read.bib 函数并在循环中引用要更改的文本所在的字段，例如 "note" 或 "title"。对于@andrew_reece 提供的示例文件，它应该像这样工作：

refs = read.bib("example.bib", encoding = "unknown", srcfile)

for (i in 1:length(refs)) {
   refs$note[i] = gsub("in light of", "CONSIDERING", refs$note[i])
}

WriteBib(as.BibEntry(refs), "example2.bib")

但是，根据您的任务描述，我同意@andrew_reece 将 bib 文件视为纯文本更容易（另一方面，对于较大的 bib 文件，您实际上可能想要进行更多控制您要替换的字段。）

使用摘要从 R 编写 .bib 文件

Writing .bib file from R with abstracts

r

bibtex

mendeley