MPI_Gatherv：创建和收集可变大小的数组（MPI+C）

Question

我是 MPI 的新手，我正在尝试并行管理不同大小的数组，然后将它们传递给主线程，到目前为止没有成功。

我了解到

MPI_Gatherv(const void *sendbuf, int sendcount, MPI_Datatype sendtype,
        void *recvbuf, const int *recvcounts, const int *displs,
        MPI_Datatype recvtype, int root, MPI_Comm comm)

是这种情况下的方法。

这是我的示例代码，由于内存问题（我认为）无法正常工作。

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <mpi.h>

int main (int argc, char *argv[]) {

MPI_Init(&argc, &argv);
int world_size,*sendarray;
int rank, *rbuf=NULL, count;
int *displs=NULL,i,*rcounts=NULL;

MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);

if(rank==0){
    rbuf = malloc(10*sizeof(int));
    displs = malloc(world_size*sizeof(int));
    rcounts=malloc(world_size*sizeof(int));
    rcounts[0]=1;
    rcounts[1]=3;
    rcounts[2]=6;

    displs[0]=1;
    displs[1]=3;
    displs[2]=6;

    sendarray=malloc(1*sizeof(int));
    for(int i=0;i<1;i++)sendarray[i]=1;
    count=1;
}

if(rank==1){
    sendarray=malloc(3*sizeof(int));
    for(int i=0;i<3;i++)sendarray[i]=2;
    count=3;
}

if(rank==2){
    sendarray=malloc(6*sizeof(int));
    for(int i=0;i<6;i++)sendarray[i]=3;
    count=6;
}
MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);


MPI_Gatherv(sendarray, count, MPI_INT, rbuf, rcounts,
            displs, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);

if(rank==0){
    int SIZE=10;
    for(int i=0;i<SIZE;i++)printf("(%d) %d ",i, rbuf[i]);

    free(rbuf);
    free(displs);
    free(rcounts);
}

if(rank!=0)free(sendarray);
MPI_Finalize();

}

具体来说，当我运行它时，我得到

(0) 0 (1) 1 (2) 0 (3) 2 (4) 2 (5) 2 (6) 3 (7) 3 (8) 3 (9) 3

而不是像这样的东西

(0) 1 (1) 2 (2) 2 (3) 2 (4) 3 (5) 3 (6) 3 (7) 3 (8) 3 (9) 3

这是为什么？

更有趣的是，似乎缺少的元素存储在 rbuf 的第 11 和第 12 个元素中，尽管这些元素本来应该不存在。

Answer 1

您的程序即将运行。如果您更改这些行：

displs[0]=1;
displs[1]=3;
displs[2]=6;

对此：

displs[0]=0;
displs[1]=displs[0]+rcounts[0];
displs[2]=displs[1]+rcounts[1];

您将获得预期的输出。变量 displs 是接收缓冲区中的偏移量，用于放置来自进程 i 的数据。

MPI_Gatherv：创建和收集可变大小的数组（MPI+C）

MPI_Gatherv: create and collect arrays of variable size (MPI+C)

c

memory-leaks

communication

mpi

dynamic-memory-allocation