facet_grid 使用 ggplot2 显示百分比组成

Question

我正在尝试获取我的数据框的分面网格。

目的是总结每个个体 (n=24) 每个进化枝（A、B、C、D、E、F）的组成（以百分比表示）。

而且每个进化枝的总和不是100%，但最终确实接近了。 None 的人得到了进化枝 B 或进化枝 F。

这是我的 R 脚本：

library(scales)
library(reshape)
library(ggplot2)

#Add an id variable for the filled regions
X_clade$ind <- factor(X_clade$ind)
X_clade$days <- factor(X_clade$days)
X_clade$temperature <- factor(X_clade$temperature)
X_clade$D <- NULL
Clade <- c(X_clade$A, X_clade$B, X_clade$C, X_clade$E, X_clade$F)
Abundance= 100*cumsum(Clade)/sum(Clade)
str(X_clade)
Abundance
hist(Clade$A)

#subset
file.29<-X_clade[(X_clade$days == 29),]
file.65<-X_clade[(X_clade$days == 65),]
file.53<-X_clade[(X_clade$days == 53),]

#install.packages("wesanderson")
library(wesanderson)
plot_bar(X_clade)

file.29$B <- NULL
file.29$F <- NULL
seq(0.1,1,by=0.1)

p1<-ggplot(file.29,aes(x = ind, y=Abundance,fill = Clade)) +
  geom_bar(position = "fill",stat = "identity") +    
  scale_y_continuous(labels = percent_format())  +
  theme(panel.background = element_blank(),
        panel.border=element_rect(fill=NA),
        panel.grid.minor = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(colour="black",size=11),
        axis.text.y=element_text(colour="black",size=11),
        axis.title =element_blank()) + guides(fill=FALSE) +
  facet_grid(days~temperature,scales="free_x")
p1

p_1M=ggplot(file.29,aes(x = ind, y=Abundance,fill = Clade)) 
p_1M

p2<-ggplot(file.53,aes(x = ind, y=Abundance,fill = Clade)) +
  geom_bar(position = "fill",stat = "identity") +  
  scale_y_continuous(labels = percent_format())  +
  theme(panel.background = element_blank(),
        panel.border=element_rect(fill=NA),
        panel.grid.minor = element_blank(),
        strip.text.x = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(colour="black",size=11),
        axis.text.y=element_text(colour="black",size=11),
        axis.title =element_blank()) +guides(fill=FALSE) +
  facet_grid(days~temperature,scales="free_x")
p2

p3<-ggplot(file.65,aes(x = ind, y=Abundance,fill = Clade)) +
  geom_bar(position = "fill",stat = "identity") +  
  scale_y_continuous(labels = percent_format())  +
  theme(panel.background = element_blank(),
        panel.border=element_rect(fill=NA),
        panel.grid.minor = element_blank(),
        strip.text.x = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(colour="black",size=11),
        axis.text.y=element_text(colour="black",size=11),
        axis.title =element_blank()) + guides(fill=FALSE) +
  facet_grid(days~temperature,scales="free_x")
p3

library(gridExtra)

grid.arrange(p1, p2, p3, nrow=3)

但对于每个图 (p1、p2、p3)，我都收到相同的错误消息：错误：美学必须为长度 1 或与数据 (8) 相同：x、y、填充。

任何关于如何解决这个问题的见解都会很可爱！我确信我离它不远了。但是，一路卡住了！

全力以赴

主场

Answer 1

一种解决方案是使用 facet_wrap 关闭条带标签并使用 inkscape 或 photoshop 添加所需的标签来绘制数据。

library(tidyverse)
d %>% 
  gather(k, v, -days, -ind, -temperature) %>%
  ggplot(aes(x = factor(ind), y=v, fill = k)) +
  geom_col() +
  scale_y_continuous(labels = function(x) paste0(x, "%"))  +
  facet_wrap(~temperature + days, scales="free_x", dir = "v", ncol=2) + 
  theme(strip.text = element_blank(),
        legend.position = "bottom")

或者试试这个

p1 <- d %>% 
  gather(k, v, -days, -ind, -temperature) %>% 
  filter(days == 29) %>% 
  ggplot(aes(x = factor(ind), y=v, fill = k)) +
  geom_col() +
  scale_y_continuous(labels = function(x) paste0(x, "%"))  +
  facet_grid(days~temperature, scales="free_x")+
  xlab("") + 
  theme(legend.position = "none")

p2 <- d %>% 
  gather(k, v, -days, -ind, -temperature) %>% 
  filter(days == 53) %>% 
  ggplot(aes(x = factor(ind), y=v, fill = k)) +
  geom_col() +
  scale_y_continuous(labels = function(x) paste0(x, "%"))  +
  facet_grid(days~temperature, scales="free_x")+
  xlab("") + 
  theme(strip.text.x = element_blank(),
        legend.position = "none")

p3 <- d %>% 
  gather(k, v, -days, -ind, -temperature) %>% 
  filter(days == 65) %>% 
  ggplot(aes(x = factor(ind), y=v, fill = k)) +
  geom_col() +
  scale_y_continuous(labels = function(x) paste0(x, "%"))  +
  facet_grid(days~temperature, scales="free_x")+
  theme(strip.text.x = element_blank(),
        legend.position = "none")

p4 <- d %>% 
  gather(k, v, -days, -ind, -temperature) %>% 
  ggplot(aes(x = factor(ind), y=v, fill = k)) +
  geom_col() +
  theme_void()

library(cowplot)         
cowplot::plot_grid(plot_grid(p1, p2, p3, ncol = 1), get_legend(p4), rel_widths = c(0.9,0.1))

Answer 2

这里有一个版本，结合了purrr和cowplot来制作一个地块列表并将它们排列在一起。我通过拆分 temperature 上的数据来模仿 facet_grid，使用 facet_wrap 制作单独的图列。使用 imap，我得到了每个拆分数据框的名称——温度——并将其用于标题。然后我做了一些稍微有点棘手的事情来提取图例，从两个图中删除图例，使左侧图上的条形文本不可见，并将它们全部并排绘制。

library(tidyverse)


df2 <- df %>%
  mutate_at(vars(days, temperature, ind), as.factor) %>%
  gather(key = group, value = value, -ind, -days, -temperature) %>%
  mutate(value = value / 100)

plots <- df2 %>%
  split(.$temperature) %>%
  imap(function(dat, temp) {
    ggplot(dat, aes(x = ind, y = value, fill = group)) +
      geom_col() +
      scale_y_continuous(labels = scales::percent) +
      scale_fill_discrete(drop = T) +
      labs(x = NULL, y = NULL) +
      facet_wrap(~ days, ncol = 1, scales = "free_x", strip.position = "right") +
      theme_minimal() +
      theme(strip.text.y = element_text(angle = 0, face = "italic"), 
            plot.title = element_text(hjust = 0.5, face = "italic")) +
      ggtitle(paste0(temp, "°C"))
  })

例如，图表的第一列如下所示：

plots[[1]]

我将第一列的条形文本设为白色以匹配条形背景，因为我希望它仍然占用一些 space（因此列仍具有相同的宽度）但不可见.

legend <- cowplot::get_legend(plots[[1]])
no_legends <- plots %>% map(~. + theme(legend.position = "none"))
no_legends[[1]] <- no_legends[[1]] + theme(strip.text = element_text(color = "white"))

使用 cowplot 并遵循 one of its vignettes，我制作了两个没有图例的地块的一个网格，以及第一个网格加上图例的第二个网格，并调整相对宽度以很好地适应.您可以从这里进行很多间距和调整。

two_plots <- cowplot::plot_grid(plotlist = no_legends)
cowplot::plot_grid(two_plots, legend, rel_widths = c(2, 0.25))

由 reprex package (v0.2.0) 创建于 2018-05-25。

facet_grid 使用 ggplot2 显示百分比组成

facet_grid showing composition in percent with ggplot2

r

ggplot2

facet-grid

aesthetics