R 是否能够在不将整个文件放入 RAM 的情况下计算大文件的列联表？

Question

让我解释一下这个问题：

我知道函数 table 或 xtabs 计算列联表，但他们需要 data.frame，它总是存储在 RAM 中。尝试在大文件（比如 20 GB，这是我必须处理的最大值）上执行此操作时真的很痛苦。

另一方面，SAS 完全可以做到这一点，因为它逐行读取文件，并在此过程中更新结果。因此RAM中永远只有一行，这是更容易接受的。

我有时会用临时 Python 程序做与 SAS 相同的事情，当我不得不做更复杂的事情时，我要么不知道如何在 SAS 中做，要么认为它太难了麻烦。 Python 语法和集成功能（字典，正则表达式...）弥补了它的弱点（主要是速度，但是当读取 20 GB 时，速度无论如何都受到硬盘驱动器的限制）。

我的问题，然后：我想知道在 R 中是否有包可以做到这一点。我知道可以像我一样逐行读取文件在 Python 中，但是在一个大文件上计算简单的统计数据（例如列联表）是一项非常基本的任务，我觉得应该有一些或多或少的 "integrated" 功能来在统计包中完成它。

请告诉我这个问题是否应该在 "Cross Validated" 上提出。我有一个疑问，因为它更多的是关于软件而不是统计数据。

Answer 1

您可以为此使用包 ff，它使用硬盘驱动器而不是 RAM，但它的实现方式不会使其（明显）比 R 使用的正常方式慢内存。

如果来自包裹描述：

The ff package provides data structures that are stored on disk but behave (almost) as if they were in RAM by transparently mapping only a section (pagesize) in main memory.

我认为这将解决您在 RAM 中加载 20GB 文件的问题。我自己已经将它用于此类目的并且效果很好。

这里还有一个小例子。来自 xtabs 文档中的示例：

基础 R

#example from ?xtabs
d.ergo <- data.frame(Type = paste0("T", rep(1:4, 9*4)),
                     Subj = gl(9, 4, 36*4))
> print(xtabs(~ Type + Subj, data = d.ergo)) # 4 replicates each
Subj
Type 1 2 3 4 5 6 7 8 9
  T1 4 4 4 4 4 4 4 4 4
  T2 4 4 4 4 4 4 4 4 4
  T3 4 4 4 4 4 4 4 4 4
  T4 4 4 4 4 4 4 4 4 4

ff 包

#convert to ff
d.ergoff <- as.ffdf(d.ergo)

> print(xtabs(~ Type + Subj, data = d.ergoff)) # 4 replicates each
    Subj
Type 1 2 3 4 5 6 7 8 9
  T1 4 4 4 4 4 4 4 4 4
  T2 4 4 4 4 4 4 4 4 4
  T3 4 4 4 4 4 4 4 4 4
  T4 4 4 4 4 4 4 4 4 4

您可以查看 here 以获取有关内存操作的更多信息。

R 是否能够在不将整个文件放入 RAM 的情况下计算大文件的列联表？

Is R able to compute contingency tables on big file without putting the whole file in RAM?

statistics

file-io

r

contingency