为 r 包编写 `configure` 文件

Question

我正在编写一个 r 包，它提供了一个围绕 libSBML C library.

的包装器

我正在使用 rcppgsl package 作为参考，它寻找 GNU Scientific Library GSL 的头文件和库文件的位置，并使用该信息编写configure 脚本以及 Makevars 和 Makevars.in。我目前不为 Windows 构建。在我的机器 (macOS) 上，libsbml（SBML C 库）安装在通常的位置，即

头文件位于 - /usr/local/include/sbml

和库文件位于 - /usr/local/lib。实际上，如果在我的包 Makevars 文件中使用以下内容，我可以构建我的 package.

CXX=clang++
PKG_CPPFLAGS= -I/usr/local/include
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) /usr/local/lib/libsbml-static.a

但是，我想了解如何使用 configure 脚本查找库并使用该信息构建包。来自 rcppgsl 的 configure.ac 的相关部分是

## Check for non-standard programs: gsl-config(1)
AC_PATH_PROG([GSL_CONFIG], [gsl-config])
## If gsl-config was found, let's use it
if test "${GSL_CONFIG}" != ""; then
    # Use gsl-config for header and linker arguments
    GSL_CFLAGS=`${GSL_CONFIG} --cflags`
    GSL_LIBS=`${GSL_CONFIG} --libs`
else
    AC_MSG_ERROR([gsl-config not found, is GSL installed?])
fi

我在相关地方用LIB_SBML替换了GSL_CONFIG，即我正在使用的整个configure.ac文件粘贴在下面（最后）。

但是，我没有看到生成 configure、Makevars 和 Makevars.in（我在 rcppgsl 中看到）。如有任何帮助，我们将不胜感激！

为了完成，输出 ls -l | grep sbml（在 usr/local/include 中）是

drwxrwxr-x   58 root      admin    1856 Aug  1  2016 sbml

和ls -l | grep sbml（在usr/local/lib中）是

-rw-r--r--   1 root      wheel   7970584 Aug  2  2016 libsbml-static.a
-rwxr-xr-x   1 arcadmin  staff  10453624 Nov 25  2014 libsbml.5.11.0.dylib
-rwxr-xr-x   1 root      wheel   3813572 Aug  2  2016 libsbml.5.13.0.dylib
lrwxr-xr-x   1 root      wheel        20 Aug  1  2016 libsbml.5.dylib -> libsbml.5.13.0.dylib
-rw-r--r--   1 root      wheel  13907656 Feb 26  2015 libsbml.a
lrwxr-xr-x   1 arcadmin  staff        15 Mar 27  2015 libsbml.dylib -> libsbml.5.dylib
-rwxr-xr-x   1 root      wheel       828 Feb 26  2015 libsbml.la
-rwxrwxr-x   1 root      admin  13362732 Nov 25  2014 libsbmlj.jnilib

我的configure.ac文件--

## Process this file with autoconf to produce a configure script.
##
## Configure.ac for RcppSBML
##
## Copyright (C) 2010         Romain Francois and Dirk Eddelbuettel
## Copyright (C) 2014 - 2015  Dirk Eddelbuettel
##
## Licensed under GNU GPL 2 or later

# The version set here will propagate to other files from here
AC_INIT([Rcppsbml], 0.1.0)

# Checks for common programs using default macros
AC_PROG_CC

## Use gsl-config to find arguments for compiler and linker flags
##
## Check for non-standard programs: gsl-config(1)
AC_PATH_PROG([LIB_SBML], [libsbml])
## If gsl-config was found, let's use it
if test "${LIB_SBML}" != ""; then
    # Use gsl-config for header and linker arguments
    SBML_CFLAGS=`${LIB_SBML} --cflags`
    SBML_LIBS=`${LIB_SBML} --libs`
else
    AC_MSG_ERROR([libsbml not found, is SBML installed?])
fi

# Now substitute these variables in src/Makevars.in to create src/Makevars
AC_SUBST(LIB_SBML)
AC_SUBST(LIB_SBML)

AC_OUTPUT(src/Makevars)

Answer 1

这是一个最小的设置：

删除 src/Makevars 并创建 src/Makevars.in 内容

PKG_CPPFLAGS= @SBML_INCLUDE@
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) @SBML_LIBS@

我没有设置 CXX，因为您无法在 src/Makevars、c.f 中更改它。 Package build ignores Makevars flags。

创建一个最小的 configure.ac 文件：

AC_INIT([Rcppsbml], 0.1.0)

AC_LANG(C++)
AC_REQUIRE_CPP
AC_PROG_CXX

# default values
AC_SUBST([SMBL_INCLUDE], "-I/usr/local/include")
AC_SUBST([SMBL_LIBS], "/usr/local/lib/libsbml-static.a")

# allow for override
AC_ARG_WITH([smbl],
            AC_HELP_STRING([--with-smbl=PREFIX],
                           [path to where smbl is installed]),
            [
             SMBL_INCLUDE="-I${with_smbl}/include"
             SMBL_LIBS="${with_smbl}/lib/libsbml-static.a"
            ],
            [])

# create and report output
AC_CONFIG_FILES([src/Makevars])
AC_OUTPUT
echo
echo "Final src/Makevars"
cat src/Makevars

调用 autoconf 从您的 configure.ac 模板创建一个 configure 文件。您可能需要使用 ./configure 和 ./configure --with-smbl=/some/path.

检查脚本

致电

R CMD build ...
R CMD check [--install-args=--configure-args=--with-smbl=/some/path] ...
R CMD INSTALL [--configure-args=--with-smbl=/some/path]...

构建、检查和安装包。

可能的扩展：

允许在静态和动态链接之间切换。
检查是否可以在指定位置找到处于可用状态的 SMBL。

我在这里看到三个问题：

从 configure.ac 生成 configure 是 不是自动的 。你必须打电话给 autoconf.
同理，Makevars.in也不是系统生成的。您必须将其作为模板提供，Makevars 由 configure.
GSL 附带 gsl-config，其他库使用通用 pkg-config。如果您的图书馆不支持这一点，您可以使用更传统的方式来使用默认位置或使用 --with-... 参数提供的位置。例如 RcppArrayFire I use:
```
AC_SUBST([AF_INCLUDE], "")
AC_SUBST([AF_LIBS], "-laf")

AS_IF([test -e "${with_arrayfire}"],
        [
         AF_INCLUDE="-I${with_arrayfire}/include ${AF_INCLUDE}"
         AF_LIBS="-L${with_arrayfire}/lib ${AF_LIBS} -Wl,-rpath,${with_arrayfire}/lib"
        ])
```
如果提供的目录为 --with-arrayfire=/relevant/path，则会在相应的子目录中搜索 headers 和动态库。

为 r 包编写 `configure` 文件

Writing `configure` file for an r package

autoconf

r-package

sbml