R 是否可以使用对数刻度的素食主义者 ordisurf
R Is it possible to use vegan's ordisurf with a logarithmic scale
我正在使用 ordisurf 函数显示 NMDS 图中某种物质的浓度。不幸的是，低端的浓度范围从 0.4 到 6，包括大多数样品。只有三个样本在 500 到 1200 的范围内：正如您在图中看到的那样
3 个样本 "Mo7" 位于相同的 ordisurf 部分，而它们的物质值分别为 1195.51、615.95 和 553.27。 W22 样本也是如此，其值接近 1。
Ordisurf 在这里添加从 0 到 800 的线，递增 100。是否可以使用对数刻度代替或以某种方式更改 ordisurf 绘图参数？这是我的代码
plot(nmds_cdna, type = "p", display = "sites", main ="title")
with(meta_data_cdna, ordisurf(nmds_cdna, sumSubstance, add = TRUE))
编辑：
按照 Jari 的建议，我将 levels 参数添加到 Ordisurf 调用中。这解决了不精确增量的问题。尽管如此，ordisurf 线对不在正确值范围内的样本进行了分组。这可能是不可能的情况，例如NMDS 中的定位和我的物质作为唯一的解释变量相互矛盾？
plot(nmds_cdna, type = "p", display = "sites", main ="title")
with(meta_data_cdna, ordisurf(nmds_cdna, sumSubstance, add = TRUE, levels = c(0, 1 , 10, 500, 1200))
您的意思是问 vegan::ordisurf() 是否有一个 levels 参数来设置所需的级别？如果那是你的问题，答案是肯定的：vegan::ordisurf() 允许设置 levels.
我正在使用 ordisurf 函数显示 NMDS 图中某种物质的浓度。不幸的是，低端的浓度范围从 0.4 到 6，包括大多数样品。只有三个样本在 500 到 1200 的范围内：正如您在图中看到的那样
3 个样本 "Mo7" 位于相同的 ordisurf 部分，而它们的物质值分别为 1195.51、615.95 和 553.27。 W22 样本也是如此，其值接近 1。
Ordisurf 在这里添加从 0 到 800 的线，递增 100。是否可以使用对数刻度代替或以某种方式更改 ordisurf 绘图参数？这是我的代码
plot(nmds_cdna, type = "p", display = "sites", main ="title")
with(meta_data_cdna, ordisurf(nmds_cdna, sumSubstance, add = TRUE))
编辑： 按照 Jari 的建议，我将 levels 参数添加到 Ordisurf 调用中。这解决了不精确增量的问题。尽管如此，ordisurf 线对不在正确值范围内的样本进行了分组。这可能是不可能的情况，例如NMDS 中的定位和我的物质作为唯一的解释变量相互矛盾？
plot(nmds_cdna, type = "p", display = "sites", main ="title")
with(meta_data_cdna, ordisurf(nmds_cdna, sumSubstance, add = TRUE, levels = c(0, 1 , 10, 500, 1200))
您的意思是问 vegan::ordisurf() 是否有一个 levels 参数来设置所需的级别？如果那是你的问题，答案是肯定的：vegan::ordisurf() 允许设置 levels.