在 Dockerfile 中为 R 添加 CRAN mirror/PPA

Question

我正在写一个 Dockerfile，想知道如何正确地为 R 添加一个带有预编译的 cran 包的 ppa。我的以下代码给出了错误消息：

Reading package lists...
W: The repository 'http://ppa.launchpad.net/marutter/c2d4u/ubuntu cosmic Release' does not have a Release file.
E: Failed to fetch http://ppa.launchpad.net/marutter/c2d4u/ubuntu/dists/cosmic/main/binary-amd64/Packages 404 Not Found
E: Some index files failed to download. They have been ignored, or old ones used instead.

我不明白为什么他找不到，虽然我可以找到Release文件here。

我的基础镜像是 postgres，你可以将其拉取为

docker pull postgres

我在添加 PPA 后调用 RUN apt-get update 时遇到错误：

# Load base image
FROM postgres

RUN apt-get update && \
    apt-get install -y software-properties-common && \
    apt-get install -y apt-transport-https

RUN apt-get update
RUN apt-get install -y wget
# More stuff here
RUN apt-get install -y r-base r-base-dev 

# add cran mirror
RUN apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
RUN echo "deb-src https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/" | tee -a /etc/apt/sources.list

# add PPA with pre-compiled cran packages
RUN add-apt-repository -y ppa:marutter/c2d4u 

# install some R packages
RUN apt-get update
RUN apt-get install -y r-cran-data.table
RUN apt-get install -y r-cran-tidyverse

如果我不调用RUN apt-get update他不会找到tidyverse（但会找到data.table）

Answer 1

根本问题是 postgres 图像基于 Debain 稳定版，而您尝试添加用于 Ubuntu 的图像。我看到三种可能的方法：

尽可能通过 postgres 映像使用 Debian 稳定版，并从源代码安装缺少的 tidyverse 软件包。
通过 postgres 图像使用 Debian 稳定版以及 R 3.5 的 CRAN backports 并从源代码编译所有包
使用 Ubuntu 图像加 c2d4u（例如 https://hub.docker.com/r/rocker/r-apt/）并在其上添加 postgres。

Answer 2

我认为您的 Dockerfile 中有错字。

RUN echo "deb-src https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/" | tee -a /etc/apt/sources.list

应该是

RUN echo "deb-src https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu/xenial/" | tee -a /etc/apt/sources.list

这是否解决了您的问题？

在 Dockerfile 中为 R 添加 CRAN mirror/PPA

Add CRAN mirror/PPA for R in Dockerfile

r

bash

docker

dockerfile

cran