在 Ubuntu 18.04 上安装新 R 后安装 R 依赖项时出错

Question

系统: Ubuntu 18.04

提示我尝试重新安装 R 和依赖项的原始错误：

Error: package or namespace load failed for 'lubridate' in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):  unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/stringi/libs/stringi.so':   libicui18n.so.57: cannot open shared object file: No such file or directory

重现步骤：

安装 R：apt install r-base
尝试安装 R 依赖项：install.packages(c("dplyr", "lubridate", "qcc", "forecast"), repos='http://cran.us.r-project.org')

安装过程中显示的错误：

/usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/smart_ptr/scoped_ptr.hpp:74:31: warning: 'template<class> class std::auto_ptr' is deprecated

安装后显示的错误：

The downloaded source packages are in
    '/tmp/RtmpnulsEe/downloaded_packages'
Warning message:
In install.packages(c("dplyr", "lubridate", "qcc", "forecast", "stringi"),  :
  installation of package 'forecast' had non-zero exit status

清除并重新安装 r-base 和 R 依赖项后，我看到了这个...（已经检查过 libcurl4-openssl-dev 是最新版本）：

Error: package or namespace load failed for 'forecast' in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): 
unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/curl/libs/curl.so':
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcurl.so.4: version `CURL_OPENSSL_3' not found (required by /usr/local/lib/R/site-library/curl/libs/curl.so)

更新： 显然它在 forecast 库中，因为我重现了这样的错误：

$ R
> library(forecast)
Error: package or namespace load failed for 'forecast' in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/curl/libs/curl.so':
  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcurl.so.4: version `CURL_OPENSSL_3' not found (required by /usr/local/lib/R/site-library/curl/libs/curl.so)

Answer 1

您最初的问题是 stringi 是针对 libicu 的 发行包 版本构建的，该版本发生了变化。由于此分发包不知道您在 /usr/local 中有 lubridate，因此它会更改并破坏内容。

有多种方法可以解决此问题。最简单（也是最窄）的方法是确保安装了 libicu-dev。然后您可以重新安装（即：重建 stringi），然后 lubridate 将加载。

其余的你只是有点疯狂地把所有可以移动的东西都扔到墙上。您需要花点时间意识到您可以或者将所有这些安装为二进制文件（即从启动板的 Michael Rutter PPA），或者从资源。您的来电。我有一个较早的答案来解释差异 here（以及此处的其他后续行动），我们也在 r-sig-debian 列表上提供帮助。

但简而言之：阅读此 README at CRAN（尤其是前几段）并考虑 PPA。

Answer 2

尝试以下操作后（在每个步骤之间清除并重新安装 R）：

apt purge r-base
Added/removed 几个不同的 PPA 在意识到 none 之前支持 Bionic Beaver。结果：Release not found.
找到 Michael Rutter 的 PPA 并尝试使用它。结果：与上面相同的错误消息 ('CURL_OPENSSL_3' not found)。
正在尝试对此 SO article 的几种解决方案。结果：与上面相同的错误消息 ('CURL_OPENSSL_3' not found)。

读取 this article 并在 R 中执行以下操作：

> remove.packages("curl")
> install.packages("curl")
> install.packages(c("dplyr", "lubridate", "qcc", "forecast", "stringi", "curl"), repos='http://cran.us.r-project.org')

一切都按预期进行。

在 Ubuntu 18.04 上安装新 R 后安装 R 依赖项时出错

Errors during installation of R dependencies after new R installation on Ubuntu 18.04

r

ubuntu

ubuntu-18.04

forecast