加入曲线拟合模型

Question

我有这 7 条符合我数据的准洛伦兹曲线。

我也想加入他们，做一条相连的曲线。你有什么想法如何做到这一点？我在 lmfit 文档中阅读了有关 ComposingModel 的内容，但不清楚如何执行此操作。

这是我的两条拟合曲线的代码示例。

for dataset in [Bxfft]:
    dataset = np.asarray(dataset)
    freqs, psd = signal.welch(dataset, fs=266336/300, window='hamming', nperseg=16192, scaling='spectrum')
    plt.semilogy(freqs[0:-7000], psd[0:-7000]/dataset.size**0, color='r', label='Bx')
    x = freqs[100:-7900]
    y = psd[100:-7900]

    # 8 Hz
    model = Model(lorentzian)
    params = model.make_params(amp=6, cen=5, sig=1, e=0)
    result = model.fit(y, params, x=x)
    final_fit = result.best_fit
    print "8 Hz mode"
    print(result.fit_report(min_correl=0.25))
    plt.plot(x, final_fit, 'k-', linewidth=2)

    # 14 Hz
    x2 = freqs[220:-7780]
    y2 = psd[220:-7780]

    model2 = Model(lorentzian)
    pars2 = model2.make_params(amp=6, cen=10, sig=3, e=0)
    pars2['amp'].value = 6
    result2 = model2.fit(y2, pars2, x=x2)
    final_fit2 = result2.best_fit
    print "14 Hz mode"
    print(result2.fit_report(min_correl=0.25))
    plt.plot(x2, final_fit2, 'k-', linewidth=2)

更新！！！

我使用了用户@MNewville 的一些提示，他发布了一个答案并使用他的代码我得到了这个：

所以我的代码和他的类似，但是随着每个高峰的进行扩展。我现在正在努力的是用我自己的 LorentzModel 替换 ready

问题是当我这样做时，代码会给我这样的错误。

C:\Python27\lib\site-packages\lmfit\printfuncs.py:153: RuntimeWarning: invalid value encountered in double_scalars [[Model]] spercent = '({0:.2%})'.format(abs(par.stderr/par.value))

关于我自己的模型：

    def lorentzian(x, amp, cen, sig, e):
         return (amp*(1-e)) / ((pow((1.0 * x - cen), 2)) + (pow(sig, 2)))

    peak1 = Model(lorentzian, prefix='p1_')
    peak2 = Model(lorentzian, prefix='p2_')
    peak3 = Model(lorentzian, prefix='p3_')

    # make composite by adding (or multiplying, etc) components
    model = peak1 + peak2 + peak3

    # make parameters for the full model, setting initial values
    # using the prefixes
    params = model.make_params(p1_amp=6, p1_cen=8, p1_sig=1, p1_e=0,
                               p2_ampe=16, p2_cen=14, p2_sig=3, p2_e=0,
                               p3_amp=16, p3_cen=21, p3_sig=3, p3_e=0,)

其余代码类似于@MNewville

[![在此处输入图片描述][3]][3]

Answer 1

3 个洛伦兹人的复合模型如下所示：

from lmfit import Model, LorentzianModel
peak1 = LorentzianModel(prefix='p1_')
peak2 = LorentzianModel(prefix='p2_')
peak3 = LorentzianModel(prefix='p3_')

# make composite by adding (or multiplying, etc) components
model = peak1 + peaks2 + peak3

# make parameters for the full model, setting initial values 
# using the prefixes
params = model.make_params(p1_amplitude=10, p1_center=8, p1_sigma=3,
                           p2_amplitude=10, p2_center=15, p2_sigma=3,
                           p3_amplitude=10, p3_center=20, p3_sigma=3)

# perhaps set bounds to prevent peaks from swapping or crazy values
params['p1_amplitude'].min = 0
params['p2_amplitude'].min = 0
params['p3_amplitude'].min = 0
params['p1_sigma'].min = 0
params['p2_sigma'].min = 0
params['p3_sigma'].min = 0
params['p1_center'].min = 2
params['p1_center'].max = 11
params['p2_center'].min = 10
params['p2_center'].max = 18
params['p3_center'].min = 17
params['p3_center'].max = 25

# then do a fit over the full data range
result = model.fit(y, params, x=x)

我认为您缺少的关键部分是：a) 只需将模型添加在一起，以及 b) 使用前缀来避免参数名称冲突。

我希望这足以让你开始...

加入曲线拟合模型

Joining of curve fitting models

python-2.7

curve-fitting

lmfit