删除未连接的节点 R igraph 或 ggnet

Question

我有一个对称矩阵，表示参与者之间的联系程度。我想取消未连接的顶点。

igraph 中包含的函数（如 delete_edges 或 delete_vertices）不适用于我的情况。我分享我的代码

#import of matrix
matrix3<-import("matrix2a.xlsx")
r.name <- matrix2a [,1]
rownames(matrix2a) <- r.name
matrix2a <- matrix2a %>% select(-X__1)
View(matrix2a)
m=as.matrix(matrix2a)
#I compute the maximum spanning tree graph
g <- graph_from_adjacency_matrix(m, mode = "upper", weighted = T, diag = F)
max_spann_tree <- mst(g, weights = -E(g)$weight)
#I obtain a network with some unconneted vertex that I would like to erase

在此先感谢您的帮助！

Answer 1

我不太清楚你的意思 "The functions included in igraph (as delete_edges or delete_vertices) do not work for my case." delete.vertices is made for 正是这个目的。

由于您没有提供数据，我将展示一个随机数据的小例子。我正在向图形添加标签，以便在我删除孤立的顶点时编号不会改变。我还使用了显式布局，因此我可以以相同的方式布置缩小的图形以进行比较。

library(igraph)
set.seed(1234)
G = erdos.renyi.game(40, 0.055)
V(G)$label=1:40     
LO = layout_with_fr(G)
plot(G, layout = LO)

现在确定孤立的顶点并使用 delete.vertices 删除它们。

Isolated = which(degree(G)==0)
G2 = delete.vertices(G, Isolated)
LO2 = LO[-Isolated,]
plot(G2, layout=LO2)

相同的图，但没有孤立的顶点。

如果这不是您想要的，请更明确地说明为什么它不适用于您的图表。

删除未连接的节点 R igraph 或 ggnet

remove unconnected nodes R igraph or ggnet

r

igraph

ggnetwork