R drake文件输出名称与变量

Question

我正在使用 drake 创建多个输出文件，我想在其中通过变量指定路径。像

outpath <- "data"
outfile <- file.path(outpath, "mydata.csv")
write.csv(df, outfile)

但是 file_out 似乎不适用于除文字字符以外的给定参数。

举个小代码例子：

代码设置

library(drake)

outpath <- "data"
# for reproducibility only
if (!dir.exists(outpath)) dir.create(outpath)

make_data <- function() data.frame(x = 1:10, y = rnorm(10))

工作代码

直接指定文件：

p0 <- drake_plan(
  df = make_data(),
  write.csv(df, file_out("data/mydata0.csv"))
)
make(p0)
#> target file "data/mydata0.csv"

失败代码

使用file.path构建输出文件

p1 <- drake_plan(
  df = make_data(),
  write.csv(df, file_out(file.path(outpath, "mydata1.csv")))
)
make(p1)
#> target file "mydata1.csv"
#> Error: The file does not exist: mydata1.csv
#> In addition: Warning message:
#> File "mydata1.csv" was built or processed,
#> but the file itself does not exist.

我猜 drake 只找到文字字符串作为目标，而不是 file.path(...) 的结果，例如，这也失败了

p2 <- drake_plan(
  df = make_data(),
  outfile = file.path(outpath, "mydata1.csv"),
  write.csv(df, file_out(outfile))
)
#> Error: found an empty file_out() in command: write.csv(df, file_out(outfile))

知道如何解决这个问题吗？

Answer 1

抱歉，我来得太晚了。使用 drake-r-package 标签可以更轻松地找到问题。

感谢@Alexis 向相关主题提供 link。通配符在这里真的很有用。

您的所有目标、输入文件和输出文件都需要提前明确命名。这样 drake 就可以在不评估计划中的任何代码的情况下找出所有依赖关系。由于 drake 负责确定何时构建哪些目标，因此我可能不会在以后的开发中放松此要求。

就其价值而言，整洁的评估也可能有所帮助。

library(drake) # version 5.3.0
pkgconfig::set_config("drake::strings_in_dots" = "literals")
file <- file.path("dir", "mydata1.csv")
drake_plan(
  df = make_data(),
  output = write.csv(df, file_out(!!file))
)
#> # A tibble: 2 x 2
#>   target         command                                       
#> * <chr>          <chr>                                         
#> 1 df             make_data()                                   
#> 2 output         "write.csv(df, file_out(\"dir/mydata1.csv\"))"

编辑：元编程

我最近加了一个lengthy section of the manual on metaprogramming. If you want more flexible and automated ways to generate workflow plan data frames, you may have to abandon the drake_plan() function and do more involved tidy evaluation. The discussion on the issue tracker也有关系

R drake文件输出名称与变量

R drake file out name with variable

r

ropensci

drake-r-package

代码设置

工作代码

失败代码

编辑：元编程