TCGA2STAT R 包在 windows 中不起作用:如何解决?
TCGA2STAT R package does not work in windows: How to resolve?
如标题所述,TCGA2STAT R package
在windows中不起作用。
(用于从博大服务器下载压缩的TCGA数据)
当我运行函数getTCGA
时,出现以下错误:
Error: TAR is not installed in the system. Data unzip failed.
我尝试根据互联网搜索结果安装 cygwin、Rtools、7zip 等,但 none 成功了。
不知道是不是Windows本身有问题
除了在 Linux 上 运行ning 之外,还有其他解决方案吗?
提前致谢。
BH 金
如果您安装了 Rtools
,您可能只需要明确设置 Rtools
安装路径,例如
Sys.setenv(R_GZIPCMD ="C:\Rtools\bin\gzip")
Sys.setenv(TAR ="C:\Rtools\bin\tar")
它也可能有助于检查
Sys.which("tar")
查看是否有可能存在冲突的 tar 的另一个版本
如标题所述,TCGA2STAT R package
在windows中不起作用。
(用于从博大服务器下载压缩的TCGA数据)
当我运行函数getTCGA
时,出现以下错误:
Error: TAR is not installed in the system. Data unzip failed.
我尝试根据互联网搜索结果安装 cygwin、Rtools、7zip 等,但 none 成功了。
不知道是不是Windows本身有问题
除了在 Linux 上 运行ning 之外,还有其他解决方案吗?
提前致谢。
BH 金
如果您安装了 Rtools
,您可能只需要明确设置 Rtools
安装路径,例如
Sys.setenv(R_GZIPCMD ="C:\Rtools\bin\gzip")
Sys.setenv(TAR ="C:\Rtools\bin\tar")
它也可能有助于检查
Sys.which("tar")
查看是否有可能存在冲突的 tar 的另一个版本