TCGA2STAT R 包在 windows 中不起作用:如何解决?

TCGA2STAT R package does not work in windows: How to resolve?

如标题所述,TCGA2STAT R package在windows中不起作用。 (用于从博大服务器下载压缩的TCGA数据)

当我运行函数getTCGA时,出现以下错误:

Error: TAR is not installed in the system. Data unzip failed.

我尝试根据互联网搜索结果安装 cygwin、Rtools、7zip 等,但 none 成功了。

不知道是不是Windows本身有问题

除了在 Linux 上 运行ning 之外,还有其他解决方案吗?

提前致谢。

BH 金

如果您安装了 Rtools,您可能只需要明确设置 Rtools 安装路径,例如

Sys.setenv(R_GZIPCMD ="C:\Rtools\bin\gzip")
Sys.setenv(TAR ="C:\Rtools\bin\tar")

它也可能有助于检查

Sys.which("tar")

查看是否有可能存在冲突的 tar 的另一个版本