从比较系统发育学的两个数据帧在 R 中创建比较对象

Question

我正在尝试将两个数据帧读入一个比较对象，以便我可以使用 pgls 绘制它们。

我不确定返回的错误是什么意思，以及如何摆脱它。

我的代码：

library(ape)
library(geiger)
library(caper)

taxatree <- read.nexus("taxonomyforzeldospecies.nex")
LWEVIYRcombodata <- read.csv("LWEVIYR.csv")


LWEVIYRcombodataPGLS <-data.frame(LWEVIYRcombodata$Sum.of.percentage,OGT=LWEVIYRcombodata$OGT, Species=LWEVIYRcombodata$Species)

comp.dat <- comparative.data(taxatree, LWEVIYRcombodataPGLS, "Species")

Returns 错误：

> comp.dat <- comparative.data(taxatree, LWEVIYRcombodataPGLS, 'Species')
Error in if (tabulate(phy$edge[, 1])[ntips + 1] > 2) FALSE else TRUE : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

Answer 1

这可能来自您的数据集，并且您的系统发育存在一些 comparative.data 难以处理的差异（通过错误消息的外观）。

您可以尝试使用 dispRity::clean.data:

清理数据集和树

library(dispRity)

## Reading the data
taxatree <- read.nexus("taxonomyforzeldospecies.nex")
LWEVIYRcombodata <- read.csv("LWEVIYR.csv")
LWEVIYRcombodataPGLS <- data.frame(LWEVIYRcombodata$Sum.of.percentage,OGT=LWEVIYRcombodata$OGT, Species=LWEVIYRcombodata$Species)

## Cleaning the data
cleaned_data <- clean.data(LWEVIYRcombodataPGLS, taxatree)

## Preparing the comparative data object
comp.dat <- comparative.data(cleaned_data$tree, cleaned_data$data, "Species")

但是，正如@MrFlick 所建议的，如果没有可重现的示例，很难知道这是否解决了问题。

Answer 2

这里的错误是我使用的是一个nexus文件，虽然?comparitive.data没有指定它应该使用哪个phylo对象，newick树似乎工作正常，而nexus文件没有。

从比较系统发育学的两个数据帧在 R 中创建比较对象

Creating a compartive object in R from two dataframes for comparitive phylogenetics

r

dataframe

phylogeny