julia DifferentialEquations 中多个数据集的参数估计

Question

我一直在寻找，但找不到在 julia 中使用 DifferentialEquations 参数估计来拟合多个数据集的直接方法。所以，假设我们有一个带有两个参数的简单微分方程：

f1 = function (du,u,p,t)
  du[1] = - p[1]*p[2] * u[1]
end

我们有 u[1] 与 t 的实验数据集。每个数据集都有不同的p[2]值and/or不同的初始条件。 p[1] 是我们要估计的参数。为此，我可以在迭代不同初始条件和 p[2] 值的 for 循环中求解微分方程，将解存储在数组中，并针对实验数据创建损失函数。我想知道是否有一种方法可以用更少的代码行来做到这一点，例如，使用 DiffEqBase.problem_new_parameters 来设置每个数据集的条件。这是将模型拟合到实验数据时非常常见的情况，但我在文档中找不到很好的示例。

提前谢谢你，

此致

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上述案例只是一个简化的例子。为了使其成为一个实际案例，我们可以从以下代码创建一些假实验数据：

using DifferentialEquations

# ODE function
f1 = function (du,u,p,t)
  du[1] = - p[1]*p[2] * u[1]
end

# Initial conditions and parameter values.
# p1 is the parameter to be estimated.
# p2 and u0 are experimental parameters known for each dataset.
u0 = [1.,2.]
p1 = .3
p2 = [.1,.2]
tspan = (0.,10.)
t=linspace(0,10,5)


# Creating data for 1st experimental dataset.
## Experimental conditions: u0 = 1. ; p[2] = .1
prob1 = ODEProblem(f1,[u0[1]],tspan,[p1,p2[1]])
sol1=solve(prob1,Tsit5(),saveat=t)

# Creating data for 2nd experimental dataset.
## Experimental conditions: u0 = 1. ; p[2] = .2
prob2 = ODEProblem(f1,[u0[1]],tspan,[p1,p2[2]])
sol2=solve(prob2,Tsit5(),saveat=t)

# Creating data for 3rd experimental dataset.
## Experimental conditions: u0 = 2. ; p[2] = .1
prob3 = ODEProblem(f1,[u0[2]],tspan,[p1,p2[1]])
sol3=solve(prob3,Tsit5(),saveat=t)

sol1、sol2 和 sol3 现在是我们的实验数据，每个数据集使用不同的初始条件和 p[2] 组合（代表一些实验变量（例如，温度、流量...）

objective 是使用实验数据 sol1、sol2 和 sol3 估计 p[1] 的值，让 DiffEqBase.problem_new_parameters 或其他替代方法迭代实验条件。

Answer 1

你可以做的是创建一个 MonteCarloProblem 来一次解决所有三个问题：

function prob_func(prob,i,repeat)
  i < 3 ? u0 = [1.0] : u0 = [2.0]
  i == 2 ? p = (prob.p[1],0.2) : p = (prob.p[1],0.1)
  ODEProblem{true}(f1,u0,(0.0,10.0),p)
end
prob = MonteCarloProblem(prob1,prob_func = prob_func)

@time sol = solve(prob,Tsit5(),saveat=t,parallel_type = :none,
                  num_monte = 3)

然后创建一个损失函数，将每个解决方案与 3 个数据集进行比较，并将它们的损失加在一起。

loss1 = L2Loss(t,data1)
loss2 = L2Loss(t,data2)
loss3 = L2Loss(t,data3)
loss(sol) = loss1(sol[1]) + loss2(sol[2]) + loss3(sol[3])

最后，您需要告诉它如何将优化参数与它正在解决的问题相关联。在这里，我们的 MonteCarloProblem 持有一个 prob ，每当它产生问题时它都会从中提取 p[1] 。我们要优化的值是p[1]，所以：

function my_problem_new_parameters(prob,p)
  prob.prob.p[1] = p[1]
  prob
end

现在我们的 objective 就是这些碎片：

obj = build_loss_objective(prob,Tsit5(),loss,
                           prob_generator = my_problem_new_parameters,
                           num_monte = 3,
                           saveat = t)

现在让我们把它扔给 Optim.jl 的 Brent 方法：

using Optim
res = optimize(obj,0.0,1.0)

Results of Optimization Algorithm
 * Algorithm: Brent's Method
 * Search Interval: [0.000000, 1.000000]
 * Minimizer: 3.000000e-01
 * Minimum: 2.004680e-20
 * Iterations: 10
 * Convergence: max(|x - x_upper|, |x - x_lower|) <= 2*(1.5e-08*|x|+2.2e-16): true
 * Objective Function Calls: 11

发现整体最佳值是0.3，这是我们用来生成数据的参数。

完整代码如下：

using DifferentialEquations

# ODE function
f1 = function (du,u,p,t)
  du[1] = - p[1]*p[2] * u[1]
end

# Initial conditions and parameter values.
# p1 is the parameter to be estimated.
# p2 and u0 are experimental parameters known for each dataset.
u0 = [1.,2.]
p1 = .3
p2 = [.1,.2]
tspan = (0.,10.)
t=linspace(0,10,5)

# Creating data for 1st experimental dataset.
## Experimental conditions: u0 = 1. ; p[2] = .1
prob1 = ODEProblem(f1,[u0[1]],tspan,[p1,p2[1]])
sol1=solve(prob1,Tsit5(),saveat=t)
data1 = Array(sol1)

# Creating data for 2nd experimental dataset.
## Experimental conditions: u0 = 1. ; p[2] = .2
prob2 = ODEProblem(f1,[u0[1]],tspan,[p1,p2[2]])
sol2=solve(prob2,Tsit5(),saveat=t)
data2 = Array(sol2)

# Creating data for 3rd experimental dataset.
## Experimental conditions: u0 = 2. ; p[2] = .1
prob3 = ODEProblem(f1,[u0[2]],tspan,[p1,p2[1]])
sol3=solve(prob3,Tsit5(),saveat=t)
data3 = Array(sol3)

function prob_func(prob,i,repeat)
  i < 3 ? u0 = [1.0] : u0 = [2.0]
  i == 2 ? p = (prob.p[1],0.2) : p = (prob.p[1],0.1)
  ODEProblem{true}(f1,u0,(0.0,10.0),p)
end
prob = MonteCarloProblem(prob1,prob_func = prob_func)

# Just to show what this looks like
sol = solve(prob,Tsit5(),saveat=t,parallel_type = :none,
            num_monte = 3)

loss1 = L2Loss(t,data1)
loss2 = L2Loss(t,data2)
loss3 = L2Loss(t,data3)
loss(sol) = loss1(sol[1]) + loss2(sol[2]) + loss3(sol[3])

function my_problem_new_parameters(prob,p)
  prob.prob.p[1] = p[1]
  prob
end
obj = build_loss_objective(prob,Tsit5(),loss,
                           prob_generator = my_problem_new_parameters,
                           num_monte = 3,
                           saveat = t)

using Optim
res = optimize(obj,0.0,1.0)

julia DifferentialEquations 中多个数据集的参数估计

Parameter estimation of multiple datasets in julia DifferentialEquations

mathematical-optimization

least-squares

julia

differentialequations.jl

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