将非数据帧数据导出到 R 中的文本文件

Question

这是我正在使用的代码，它创建了我感兴趣的统计测试摘要

library(ape)
library(geiger)
library(caper)

taxatree <- read.tree("newicktest.tre")
LWEVIYRcombodata <- read.csv("LWEVIYR.csv")


LWEVIYRcombodataPGLS <-data.frame(Sum.of.percentage=LWEVIYRcombodata$Sum.of.percentage,OGT=LWEVIYRcombodata$OGT, Species=LWEVIYRcombodata$Species)

LWEVIYRcombodataPGLS$Species<-gsub(" ", "", LWEVIYRcombodataPGLS$Species)

comp.dat <- comparative.data(taxatree, LWEVIYRcombodataPGLS, "Species")

phylo.signal <- pgls((Sum.of.percentage) ~1, data=comp.dat, lambda="ML")

我用这条线来调用它：

summary(phylo.signal)

然后保存为变量：

dataforexport <- summary(phylo.signal)

但是，这不会让我将它打印到常规文本文件，甚至是 csv。

当尝试类似这样的事情时：

write.table(dataforexport, file = "test1.txt", sep = "\t", row.names = FALSE)

我收到一条错误消息：

Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE, stringsAsFactors = stringsAsFactors) : 
  cannot coerce class ""summary.pgls"" to a data.frame

我希望能够将我的分析结果保存到文本文件，甚至是 csv（理想情况下附加文件，但这是另一个可能在其他地方得到回答的问题）

Answer 1

试一试 -

capture.output(summary(phylo.signal), file = "test1.txt")

将非数据帧数据导出到 R 中的文本文件

Exporting non-dataframe data to a text file in R

r

dataframe

phylogeny