获取像素级蒙版和 WSI 补丁之间的区域

Question

所以基本上我有一个 WSI（整张幻灯片图像），看起来像这样：

我有一个 png 面具，看起来像这样：

及其在 WSI 上的位置（x：1098，y：2116，宽度：167，高度：378）

现在我要做的是获取 WSI，从 WSI 中创建尺寸为 96x96 的补丁，对于这些补丁中的每一个，我想检查掩码文件下的白色区域是否至少存在于 2 /3 创建的补丁。例如，这是我创建补丁的伪代码：

self.crop_size = 96
is_fit = False
while True:
    patch_x = 0
    while True:
        patches.append((patch_x, patch_y, self.crop_size, self.crop_size, is_fit))
        if patch_x + self.crop_size > width:
            patch_x = width - self.crop_size
            patches.append((patch_x, patch_y, self.crop_size, self.crop_size, is_fit))
            break
        else:
            patch_x += self.crop_size
    if patch_y + self.crop_size > height:
        patch_y = height - self.crop_size
        patches.append((patch_x, patch_y, self.crop_size, self.crop_size, is_fit))
        break
    else:
        patch_y += self.crop_size

现在对于每个补丁（我认为一个补丁是我在 patches.append() 中插入的元组）我希望能够将 True 设置为 is_fit 如果至少有 2/3面罩的白色区域存在于贴片中。请注意，在这里我有权从代码中打开掩码文件，但不能从 WSI 中打开，因为它会占用太多内存。有任何想法吗？谢谢。

Answer 1

您可以应用以下算法：

对于 WSI 中的每个补丁 (x, y, width, height)，计算其相对于遮罩位置的坐标：(x2, y2, width2, height2)。 min 和 max 可以做一些计算，但没有什么不可能的。
对于每个补丁，计算比率 cv2.countNonZero(mask[y2:y2+height2, x2:x2 + width2]) / (self.crop_size * self.crop_size)。如果这个比例高于 2/3，那么您可以将补丁设置为 isFit = True.

为了得到面片在掩码中的位置，我们假设掩码是一个在 WSI 中坐标为 (x_m, y_m, width_m, height_m) 的矩形。那么一个补丁 (x, y, width, height) 将在掩码中具有以下坐标：

x2 = max(x - x_m, 0) 这个值可以高于 width_m 在这种情况下你可以忽略补丁，因为它完全在掩码之外。
y2 = max(y - y_m, 0) 这个值可以高于 height_m 在这种情况下你可以忽略补丁，因为它完全在掩码之外。
width2 = min(self.crop_size, width_m - x2)
height2 = min(self.crop_size, height_m - y2)

获取像素级蒙版和 WSI 补丁之间的区域

Get area between pixel wise masks and WSI patches

python

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numpy

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