使用 .cpp 文件让 RcppArmadillo 在 Rstudio 中工作

Question

我是这方面的新手，很抱歉回答这个基本问题。我已经设法使 Rcpp 正常工作，但需要在犰狳中使用一个功能，但我只是没有做对。我知道代码很糟糕，就像我说我是 C++ 的新手一样，但如果有人能帮助我完成这个示例，我将不胜感激。我在 Rstudio 中的 .cpp 文件中的代码如下。我是运行最新的 R 和 Rstudio。谢谢

#include <iostream>
#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
using namespace Rcpp;
using namespace arma;

/*** R
require(Rcpp)
require(RcppArmadillo)
#Population of size N
N = 350
#Set size
m = 3
#Number of cycles
C = 20
#Final number of analysed units
n = C * m
#make the r vector of ranks
r <- rep(1:m, length.out = n)

#initialise alpha matrix nxn
alpha <- matrix(0, ncol = N, nrow = n)
  */

// [[Rcpp::export]]
unsigned nChoosek( unsigned n, unsigned k )
{
  if (k > n) return 0;
  if (k * 2 > n) k = n-k;
  if (k == 0) return 1;

  int result = n;
  for( int i = 2; i <= k; ++i ) {
    result *= (n-i+1);
    result /= i;
  }
  return result;
}

// [[Rcpp::export]]
NumericMatrix alphaC(NumericVector r, int N, int m, int n, int C, 
NumericMatrix alpha){
  int S = r.size();
  int a = 0;
  int b = 0;
  double c = 0;

  for(int i = 0; i < N; ++i){

    for (int j = 0; j < S; ++j){

      a = nChoosek(i, (r[j] - 1));
      b = nChoosek((N - (i + 1)),( m - r[j]));
      c = nChoosek(N, m);

      alpha(j,i) = a*b/c;  

      //std::cout << "a*b/c: " << a*b/c << std::endl;
    }
  }
  return(alpha);
}

/*** R
#Create first order probabilities
pi <- 1 - apply((1 - alphaC(r,N,m,n,C,alpha)), 2, prod)
  plot(pi)
  */

/*** R
#Second order inclusion properties.
pii <- matrix(0, ncol = N, nrow = N)
  */

// [[Rcpp::export]]

int times(NumericVector vec){
  int sum = 1;
  sum = arma::prod(vec);
  return sum;
}

/*** R
vec = 1:5
times(vec)
*/

Answer 1

您的示例代码包含许多与此处无关的内容。下次请尝试提供一个 minimal 示例，以及您收到的错误消息。不管怎样，你需要一个 Armadillo 数据结构来处理 arma::prod。您可以直接创建它，如评论中的 @mt1022 所示，或者通过定义具有合适参数的函数来隐式完成它：

#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

// [[Rcpp::export]]
double times(arma::vec vec){
  double result = arma::prod(vec);
  return result;
}

/*** R
vec <- 1:5 + 0.5
times(vec)
*/

请注意，我已将 return 类型更改为双精度类型，因为 numeric 向量的乘积通常不能表示为 int。

使用 .cpp 文件让 RcppArmadillo 在 Rstudio 中工作

Getting RcppArmadillo working in Rstudio using .cpp file

c++

r

armadillo

rcpp