plotly 散点图中的颜色编码误差条

Question

我正在尝试用 R plotly 创建一个 forest plot ，我想在其中根据相应的 p 值对效果大小（点）及其误差条进行颜色编码.

这里是玩具数据：

set.seed(1)

factors <- paste0(1:25,":age")
effect.sizes <- rnorm(25,0,1)
effect.errors <- abs(rnorm(25,0,1))
p.values <- runif(25,0,1)

这是我正在尝试的：

library(dplyr)
plotly::plot_ly(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray"))) %>%
      plotly::add_trace(error_x=list(array=effect.errors),marker=list(color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")))) %>%
      plotly::colorbar(limits=c(0,1),len=0.4,title="P-Value") %>%
      plotly::layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=list(title="Factor",zeroline=F,showticklabels=T))

这给了我：

这与我想要的非常接近，除了：

我希望误差条的颜色与效果大小相似（通过相应的 p 值）。
删除 colorbar

trace

y 轴上的标签顺序为 factors

有什么想法吗？

Answer 1

这是一个想法，首先构建一个 ggplot2 图并使用 ggplotly:

创建数据框：

df <- data.frame(factors = factor(factors, levels = factors), #note the order of the levels which determines the order of the y axes
                 effect.sizes = effect.sizes,
                 effect.errors = effect.errors,
                 p.values = p.values)

创建 ggplot 图：

library(ggplot2)
library(plotly)

ggplot(df)+
  geom_vline(xintercept = 0, color = "grey50") +
  geom_point(aes(y = factors,
                 x = effect.sizes,
                 color = p.values)) +
  geom_errorbarh(aes(y = factors,
                     xmin = effect.sizes - effect.errors,
                     xmax = effect.sizes + effect.errors,
                     x = effect.sizes,
                     color = p.values)) +
  scale_color_continuous(low = "darkred", high = "gray")+
  theme_bw() +
  xlab("Effect Sizes")+
  ylab("Factors") +
  theme(panel.border = element_blank(),
        plot.margin = margin(1, 1, 1, 1, "cm")) -> p1


ggplotly(p1)

数据：

set.seed(1)
factors <- paste0(1:25,":age")
effect.sizes <- rnorm(25,0,1)
effect.errors <- abs(rnorm(25,0,1))
p.values <- runif(25,0,1)

Answer 2

好吧，我花了一些时间来预热我的 plotly 技能。由于你的第一个点是最难的，所以我会倒着看你的点。

1. 这可以通过使用 categoryorder 操纵 layout 来实现和 yaxis 列表中的 categoryarray（参见 motos 回答）
1. 设置showlegend=FALSE
1. 这很棘手。我不得不在第一行移动你的第二行（错误栏）。向其添加了颜色矢量。把它放在 plot_ly 函数中。使用 split 允许按组正确着色。为 marker 列表中的点添加了颜色。此外，我通过 colorRamp to hex 转换了 p.values - 因为每个更简单的解决方案都不适合我。

看起来像这样：

代码（颜色条产生了一些问题）：

### Set category order
yform <- list(categoryorder = "array",
              categoryarray = rev(factors),
              title="Factor",zeroline=F,showticklabels=T)

### set the color scale and convert it to hex
library(grDevices)
mycramp<-colorRamp(c("darkred","gray"))
mycolors<-rgb(mycramp(p.values),maxColorValue = 255)

### plot without the adjusted colorbar
library(plotly)
### Without colorbar adjustment
  plot_ly(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
          color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")),
          error_x=list(array=effect.errors,color=mycolors),split=factors,showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors)) %>%
      layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform)

  ### The colorbar-adjustment kicks out the original colors of the scatter points. Either you plot them over
  plot_ly(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
          color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")),
          error_x=list(array=effect.errors,color=mycolors),split=factors,showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors)) %>%
      layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform) %>%
  colorbar(limits=c(0,1),len=0.4,title="P-Value",inherit=FALSE) %>%
      add_trace(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
            showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors),inherit=FALSE) %>%
    layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform)

  ### or you try to set the colorbar before the plot. This results in some warnings
  plot_ly() %>%
  colorbar(limits=c(0,1),len=0.4,title="P-Value",inherit=FALSE) %>%
      add_trace(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
          color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")),
          error_x=list(array=effect.errors,color=mycolors),split=factors,showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors)) %>%
      layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform)

奇怪的是，这第一点很难解决并导致如此大的代码括号，因为通常 plotly 很好地支持该管道逻辑，并且您会得到一个非常易读的代码，其中包含所有 add-函数。

我期望，例如，一些 add_errorbar-函数，但显然你必须在 plot_ly-函数中添加错误栏，错误的颜色向量只有在你使用 split-函数。如果有人想对此发表评论或 post 具有更易读代码的替代答案，那将很有趣。

plotly 散点图中的颜色编码误差条

Color coding error bars in a plotly scatter plot

r

plotly

forestplot