在 corrplot 的 x 轴下添加附加信息

Question

我正在尝试在 corrplot 的 x 轴下添加 "cumulative proportional variance explained"（来自 PCA）。我参考了 corrplot 手册，但没有找到任何说明。下面是我目前使用示例数据的代码。

library("FactoMineR")
library("factoextra")
library("corrplot")

data(decathlon2)
decathlon2.active <- decathlon2[1:23, 1:10]

res.pca <- PCA(decathlon2.active, graph = FALSE)
var <- get_pca_var(res.pca)
corrplot(var$cos2, is.corr=FALSE)

##getting cumulative variance explained from res.pca
variance <- res.pca$eig*100/sum(res.pca$eig)
cumvar <- cumsum(variance)

问题是如何将 cumvar 信息插入 corrplot 的 x 轴，以便它们与 [=11] 顶部相应的 dim* 匹配=]，这样就不需要做碎石图了。

有人知道怎么做吗？任何帮助将不胜感激。

Answer 1

如果要在 x 轴底部显示这些数字：

重复你的计算

library("FactoMineR")
library("factoextra")
library("corrplot")

data(decathlon2)
decathlon2.active <- decathlon2[1:23, 1:10]

res.pca <- PCA(decathlon2.active, graph = FALSE)
var <- get_pca_var(res.pca)

variance <- res.pca$eig*100/sum(res.pca$eig)
cumvar <- cumsum(variance)

在底部制作带有额外 space 的绘图

corrplot(var$cos2, is.corr=FALSE, mar=c(4,0,0,0))

添加单元格下解释的方差比例：

text(1:5, 0, round(cumvar[1:5], 2), xpd=TRUE)

结果：

在 corrplot 的 x 轴下添加附加信息

Adding additional information under corrplot's x axis

r

plot

pca

cumsum

r-corrplot