删除使用 plotnine 中的 geom_tile 函数生成的分面图中的空行

Question

您好，我正在尝试使用 plotnine Python 库的 geom_tile 函数生成多面图。我被 类 A、B 和 C 中出现的空行卡住了（请参见下面的示例）。我想删除这些空白行，同时只保留属于每个 类 的 objects/rows。 欢迎任何想法。 最佳

from plotnine import (ggplot, aes, geom_tile, 
                        facet_grid, theme_bw, 
                        scale_fill_gradientn, 
                        theme,
                        element_blank,
                        element_rect)
import plotnine
import pandas as pd
import io
import requests
from pandas import Categorical


# Load the data.frame
url = "https://raw.githubusercontent.com/dputhier/dp_examples/master/plotnine/df_example_2.txt"
s= requests.get(url).content
data = pd.read_csv(io.StringIO(s.decode('utf-8')), sep="\t", header=0)
data = data.sort_values("cls")
data.object = Categorical(data.object, categories=data.object.unique(), ordered=True)
data.condition = Categorical(data.condition, categories=data.condition.unique(), ordered=True)
data.cls = Categorical(data.cls, categories=data.cls.unique(), ordered=True)

# Create a facetted diagram

color_palette = "#d73027,#fc8d59,#fee090,#e0f3f8,#91bfdb,#253494"
color_palette_list = color_palette.split(",")

p = ggplot(data=data, mapping=aes('pos',
                                  'object')
                                  ) + geom_tile(aes(fill='value'))
p += theme_bw()
p += scale_fill_gradientn(colors=color_palette_list,
                          name="Signal", na_value="#222222")

p += plotnine.labels.xlab('position')
p += plotnine.labels.ylab("object")

p += theme(panel_grid_major=element_blank(),
           panel_grid_minor=element_blank(),
           panel_border=element_rect(colour="black", size=1))

p +=  plotnine.facet_grid("cls~condition ",
                          scales="free_y",
                          space="free")

p.save(filename='plot_dp.pdf')

Answer 1

事实上，这是一个使用

修复的错误 (#154)

pip 安装git+https://github.com/has2k1/plotnine.git