R中的行相关

Question

我有两个相同大小的矩阵。我想计算这些矩阵中每对行之间的相关系数； A 的第 1 行与 B 的第 1 行，A 的第 2 行与 B 的第 2 行等

A <- matrix(runif(1:200), nrow=20)
B <- matrix(runif(1:200), nrow=20)

我能想到的最好的是

ret <- sapply(1:20, function(i) cor(A[i,], B[i,]))

但是效率非常低（矩阵有几万行）。有没有更好更快的方法？

Answer 1

这应该很快：

cA <- A - rowMeans(A)
cB <- B - rowMeans(B)
sA <- sqrt(rowMeans(cA^2))
sB <- sqrt(rowMeans(cB^2))

rowMeans(cA * cB) / (sA * sB)

Answer 2

您可以创建矢量化函数来为您计算协方差和 SD，例如，

RowSD <- function(x) {
  sqrt(rowSums((x - rowMeans(x))^2)/(dim(x)[2] - 1))
}

VecCov <- function(x, y){
  rowSums((x - rowMeans(x))*(y - rowMeans(y)))/(dim(x)[2] - 1)
}

然后，只需

VecCov(A, B)/(RowSD(A) * RowSD(B))

R中的行相关

Row-wise correlations in R

r

matrix

correlation