整洁：规范

Question

我试图自己实现整洁，使用原始论文但卡住了。

假设在上一代我有以下物种：

Specie 1:     members: 100    avg_score: 100
Specie 2:     members: 150    avg_score: 120
Specie 3:     members: 300    avg_score: 50
Specie 4:     members: 10     avg_score: 110

我现在对下一代的尝试。如下：

从每个物种中，删除除一个随机基因组之外的每个基因组。
将每个基因组放入物种中/也许创建一个新基因组
将物种的得分设置为物种中每个基因组得分的平均值。

4.1 通过杀死每个物种中最差的 90% 来繁殖。

4.2 根据分数选择一个物种

4.3 从那个物种中，选择 2 个基因组并培育出一个新的基因组。

我不确定这是否是正确的尝试，尤其是当我 "kill" 90% 的基因组时。这个百分比值是我现在随机选择的（只是概念）。

If a specie, after the killing, has 0 members. Did it then go extinct?

在我给出的例子中，如果我杀死 90%，Specie 4 可能会灭绝。

Is my attempt correct, or how does a specie usually go extinct?

Answer 1

首先，我强烈建议不要尝试从头开始实施 NEAT。这比一开始看起来要复杂得多（请随意查看许多可用实现的 public 存储库）。

现在，更具体地回答您的问题：

NEAT 有很多种风格。就您而言，您的疑虑似乎与精英主义的概念有关，是的，这通常是您需要自己设定的参数。通常算法是这样工作的：

物种基因组。也就是说，将它们安排到给定数量的物种中，将彼此更接近的物种放在一起（例如，k-means 物种形成）。
Select精英。您从每个物种中保留给定数量或百分比的个体，并将它们传递给新一代。根据您的应用方式，每个物种总会有至少一名成员存活下来！
根据适应性（也许还根据物种的适应性）选择用于繁殖的基因组。这也允许不同的特定实现风格。
复制。有无性繁殖（所选基因组的变异）和有性繁殖。有性繁殖的工作原理是从两个 parent 中获取基因（同样是不同的实现方式），然后对其中一些进行变异。有种间和种内有性繁殖（另一个 parent 来自同一物种或来自不同物种），但您可以自由禁用其中任何一个。
Re-evaluation 的后代（设置新的适应度值）。
物种形成。

请注意，物种形成是 re-applied 周期性的（通常是每一代），因此物种并没有真正明确的定义（没有什么能真正阻止精英基因组，原封不动地复制到下一代，被分配一个新物种）。

如果您使用的是固定种群规模和 k-means 物种形成，无论如何都会有 k 个物种。从某种意义上说，每一次迭代都是新物种。

整洁：规范

NEAT: Speciating

neat

genetic-algorithm

genome