使用 knitr / rmarkdown 突出显示 bash 代码

Question

我正在尝试使用 RStudio、R Markdown 和 knitr 生成 HTML 报告。在报告中我想显示一些 bash 代码。我不想运行代码，但我希望突出显示它。

another question中提到过，但那里的建议对我不起作用。到目前为止，这是我尝试过的方法：

---
title: "bash highlighting?"
output: html_document
---
```{r, engine = 'bash', eval = FALSE}
for foo in (ls bar)
do
  echo $foo
done
```

```{bash, eval = FALSE}
for foo in (ls bar)
do
  echo $foo
done
```

这些都没有让我在 HTML 文档中突出显示。我知道这是可能的，因为我记得大约一周前在某个地方看到过它，但我再也找不到了！有谁知道我该如何实现？

感谢阅读，

汤姆

编辑：我刚找到 this answer，建议在 .Rmd

中使用以下代码块

<link rel="stylesheet" href="http://yandex.st/highlightjs/7.3/styles/default.min.css">
<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.9.0/jquery.min.js"></script>
<script src="http://yandex.st/highlightjs/7.3/highlight.min.js"></script>
<script>
$(document).ready(function() {
  $('pre code').each(function(i, e) {hljs.highlightBlock(e)});
});
</script>

这适用于文档中的 bash 代码，但会破坏 R 代码的突出显示！

## R version 3.2.0 (2015-04-16)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Ubuntu 14.04.2 LTS
## 
## locale:
##  [1] LC_CTYPE=en_AU.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
##  [3] LC_TIME=en_AU.UTF-8        LC_COLLATE=en_AU.UTF-8    
##  [5] LC_MONETARY=en_AU.UTF-8    LC_MESSAGES=en_AU.UTF-8   
##  [7] LC_PAPER=en_AU.UTF-8       LC_NAME=C                 
##  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
## [11] LC_MEASUREMENT=en_AU.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] formatR_1.2     tools_3.2.0     htmltools_0.2.6 yaml_2.1.13    
## [5] rmarkdown_0.5.1 knitr_1.10      stringr_0.6.2   digest_0.6.8   
## [9] evaluate_0.7

Answer 1

好的，多亏了评论才明白。似乎是 RStudio 不适合突出显示。当我将中间降价文件保存为 in.md:

---
title: "Bash Highlighting"
output:
  html_document:
    keep_md: true
---

```{r, engine = 'bash', eval = FALSE}
for foo in (ls bar)
do
  echo $foo
done
```

然后使用 将 html 转换为 html 例如来自 BioConductor 的 CSS：

pandoc -s in.md \ -c https://hedgehog.fhcrc.org/bioconductor/branches/RELEASE_3_1/madman/Rpacks/BiocStyle/inst/resources/html/bioconductor.css \ -t html -o out.html

我得到很好的 R 和 bash 代码突出显示。

谢谢！

Answer 2

默认语法高亮主题不适用于非 R 代码块，您可以使用其他主题，例如pygments

---
title: "Bash Highlighting"
output:
  html_document:
    highlight: pygments
---

```{r, engine = 'bash', eval = FALSE}
for foo in (ls bar)
do
  echo $foo
done
```

使用 knitr / rmarkdown 突出显示 bash 代码

Highlighting bash code with knitr / rmarkdown

r

syntax-highlighting

rstudio

knitr

r-markdown