从 r 中的 manova 分析中提取误差矩阵

Question

我使用 car 包来执行方差分析。在这里，我得到了矩阵形式的误差和因子 (=Site) 的平方和。代码在这里

library(car)
## One-Way MANOVA
anv<-summary(Anova(lm(cbind(Al, Fe, Mg, Ca, Na) ~ Site, data=Pottery)))
anv

现在我想从这个结果中提取这两个矩阵用于下一步分析。我想要的输出是这样的-

 >err_ss

       Al          Fe          Mg          Ca         Na
Al 48.2881429  7.08007143  0.60801429  0.10647143 0.58895714
Fe  7.0800714 10.95084571  0.52705714 -0.15519429 0.06675857
Mg  0.6080143  0.52705714 15.42961143  0.43537714 0.02761571
Ca  0.1064714 -0.15519429  0.43537714  0.05148571 0.01007857
Na  0.5889571  0.06675857  0.02761571  0.01007857 0.19929286



>Site_ss 

        Al          Fe          Mg         Ca         Na
Al  175.610319 -149.295533 -130.809707 -5.8891637 -5.3722648
Fe -149.295533  134.221616  117.745035  4.8217866  5.3259491
Mg -130.809707  117.745035  103.350527  4.2091613  4.7105458
Ca   -5.889164    4.821787    4.209161  0.2047027  0.1547830
Na   -5.372265    5.325949    4.710546  0.1547830  0.2582456

使用下面的代码后，我得到了错误矩阵的结果，但我未能提取最后一个。

str(anv)
err_ss<-anv$"SSPE"
> err_ss
       Al          Fe          Mg          Ca         Na
Al 48.2881429  7.08007143  0.60801429  0.10647143 0.58895714
Fe  7.0800714 10.95084571  0.52705714 -0.15519429 0.06675857
Mg  0.6080143  0.52705714 15.42961143  0.43537714 0.02761571
Ca  0.1064714 -0.15519429  0.43537714  0.05148571 0.01007857
Na  0.5889571  0.06675857  0.02761571  0.01007857 0.19929286

有人可以帮我做吗？提前致谢。

Answer 1

我们需要根据结构进行提取。如果我们查看 str(anv)，它是 7 个元素的 list。 "SSPE"、"SSPH" 元素位于 "multivariate.tests" 的 "Site" 元素之下。所以用 $ 或 [[ 中的任一个提取它们，然后得到两个矩阵

out <- anv$multivariate.tests$Site[c("SSPE", "SSPH")]
out
#$SSPE
#           Al          Fe          Mg          Ca         Na
#Al 48.2881429  7.08007143  0.60801429  0.10647143 0.58895714
#Fe  7.0800714 10.95084571  0.52705714 -0.15519429 0.06675857
#Mg  0.6080143  0.52705714 15.42961143  0.43537714 0.02761571
#Ca  0.1064714 -0.15519429  0.43537714  0.05148571 0.01007857
#Na  0.5889571  0.06675857  0.02761571  0.01007857 0.19929286

#$SSPH
#            Al          Fe          Mg         Ca         Na
#Al  175.610319 -149.295533 -130.809707 -5.8891637 -5.3722648
#Fe -149.295533  134.221616  117.745035  4.8217866  5.3259491
#Mg -130.809707  117.745035  103.350527  4.2091613  4.7105458
#Ca   -5.889164    4.821787    4.209161  0.2047027  0.1547830
#Na   -5.372265    5.325949    4.710546  0.1547830  0.2582456

最好将其保存在一个 list 中，而不是拥有多个对象。

从 r 中的 manova 分析中提取误差矩阵

Extract error matrix from manova analysis in r

r

matrix

manova