用于空间点模式分析的 Kcross - 在 R 中

Question

我正在尝试使用 Kcross 进行空间点模式分析。我希望从名为 'birds' 的数据集中比较物种 A 和物种 B。感兴趣的变量是 species_name。它只有 2 个级别 - species A 和 species B.

下面是我尝试将 species_name 设置为多类型对象的代码。

marks(birds) <- factor("species_name") #where birds is a ppp object
Kcross(birds,i = "species A", j = "species B")

但是，我遇到了错误消息：No points have mark i = species A。

我试了各种方法都无济于事，需要对这两个物种进行K杂交。是我错误地定义了我的多类型对象还是错误地定义了 Kcross 函数？这样做的正确方法是什么？

对于可重现的示例，请在下面找到 link 鸟类数据集和代码：https://drive.google.com/file/d/1uaQu9LTLqnIjiIRQZLNlraRcLe6nsqkr/view?usp=sharing

library(tidyverse)
library(spatstat)
library(sp)
library(sf)
library(rgdal)
birds = read_csv("birds_sample1.csv")

#create 200x200 polygon as window
x_coord <- c(0,0,200,200,0)
y_coord <- c(0,200,200,0,0)
xym <- cbind(x_coord, y_coord)
p <- Polygon(xym)
ps <-Polygons(list(p),1)
sps <- SpatialPolygons(list(ps))
raster_owin <- as(sps, "owin") 
raster_owin

#create ppp object for birds 
birds <- st_as_sf(birds, coords = c("X", "Y"))
birds  <- as(birds , 'Spatial')
birds<- as(birds, "ppp") 
birds<- birds[raster_owin]

#attempt for Kcross, which failed
marks(birds) <- factor("species_name") #where birds is a ppp object
Kcross(birds,i = "species A", j = "species B")

Answer 1

由于 birds 现在是一个 ppp 对象，属性现在列在 marks 下，因此您必须这样称呼它们，

marks(birds) <- factor(birds$marks$species_name)

然后您可以在不设置这些参数的情况下调用 KCross，因为默认设置已经将 i 设置为第一级标记，将 j 设置为第二级

levels(marks(birds))
#[1] "Ordinary Snape"          "Rose-crested Blue Pipit"

Kcross(birds)

Answer 2

您不需要加载很多库（仍然使用 tidyverse 中的 readr）来使用 spatstat 执行此操作。下面是几行代码：

library(spatstat)
W <- owin(c(0,200), c(0,200))
birds <- readr::read_csv("https://drive.google.com/uc?export=download&id=1uaQu9LTLqnIjiIRQZLNlraRcLe6nsqkr")
#> Warning: Missing column names filled in: 'X1' [1]
species <- factor(birds$species_name)
birds <- ppp(x = birds$X, y = birds$Y, marks = species, window = W)
#> Warning: data contain duplicated points
Kbirds <- Kcross(birds, i = "Species A", j = "Species B")
plot(Kbirds)

用于空间点模式分析的 Kcross - 在 R 中

Kcross for spatial point pattern analysis - in R

r

spatial

point

spatstat

ppp