如何从 R 中运行多命令 Linux shell 脚本？

Question

我正在启动一个缺少所需驱动程序的 linux 虚拟环境，因此我使用 shell 进行安装。我正在手动执行此操作，但想从 R 中自动执行此操作，我的其余代码所在的位置。

我可以通过单击“工具”>Shell...

在 R 中打开 shell

然后我有多行 Bash 脚本到运行以安装 "ODBC Driver 17 for SQL Server"

sudo su 
curl https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc | apt-key add -
curl https://packages.microsoft.com/config/debian/8/prod.list > /etc/apt/sources.list.d/mssql-release.list

exit
sudo apt-get update
sudo ACCEPT_EULA=Y apt-get install msodbcsql17

我想将这些命令保存在某种可读文件中，并且运行从 R 中保存这些命令。

经过一些搜索，我看到了使用 System 到运行单行的帖子，但我无法找到关于 if/how 的信息，这可以扩展为运行多行或如何从某种保存的文件中提取这些命令。

上下文：我是 linux 和 Bash/Shell 命令的新手谢谢！

Answer 1

您可以使用 ; 分隔命令，并将整个脚本存储为单个字符串。如果您的脚本中有特殊字符（您目前没有），您将必须非常小心正确使用转义字符。

对于你的 bash 脚本，类似这样的东西应该可以工作

command="sudo su ; 
curl https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc | apt-key add -; 
curl https://packages.microsoft.com/config/debian/8/prod.list > /etc/apt/sources.list.d/mssql-release.list; 
exit;
sudo apt-get update;
sudo ACCEPT_EULA=Y apt-get install msodbcsql17;"

system(command)

另一种解决方法是将脚本另存为 .sh bash 脚本，然后在 command() 中调用脚本文件名。请注意，要使 bash 脚本可从命令行执行，您必须在最顶部添加 she-bang 行 (#!/bin/bash)。

Answer 2

实际上多行命令工作得很好：

command <- "cd
pwd
ls"
system(command)

MS 提供的命令的问题是（不必要的）使用 su。您可以重写命令以仅在必要时使用提升的权限：

command="curl https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc | sudo apt-key add -
curl https://packages.microsoft.com/config/debian/8/prod.list | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/mssql-release.list
sudo apt-get update
sudo ACCEPT_EULA=Y apt-get install msodbcsql17"
system(command)

例如 here sudo tee。

如何从 R 中运行多命令 Linux shell 脚本？

How to run a multi command Linux shell script from within R?

linux

bash

shell

r

driver

如何从 R 中 运行 多命令 Linux shell 脚本？

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bash

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如何从 R 中运行多命令 Linux shell 脚本？