Docker、詹金斯和 rJava

Question

我运行的 Jenkins 工作的一部分需要安装 rJava； Jenkins 的工作是运行在我控制的 docker 图像上，但我似乎仍然无法安装 rJava。

环顾四周，seems like 确保运行 R CMD javareconf 是所有这一切的关键，事实上我添加了 && R CMD javareconf 作为最后一个命令我的 Dockerfile。 Docker 图像的编译包含：

Java interpreter : /docker-java-home/jre/bin/java
Java version     : 1.8.0_171
Java home path   : /docker-java-home
Java compiler    : /docker-java-home/bin/javac
Java headers gen.: /docker-java-home/bin/javah
Java archive tool: /docker-java-home/bin/jar

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/docker-java-home/include -I/docker-java-home/include/linux     -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/docker-java-home/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR


JAVA_HOME        : /docker-java-home
Java library path: $(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

现在，当我进入 Docker 实例 (docker exec -it jenkins_img bash) 时，我实际上可以手动安装 rJava： install.packages('rJava') 可以正常工作；重要的是，这是输出的一部分：

checking Java support in R... present:
interpreter : '/docker-java-home/jre/bin/java'
archiver    : '/docker-java-home/bin/jar'
compiler    : '/docker-java-home/bin/javac'
header prep.: '/docker-java-home/bin/javah'
cpp flags   : '-I/docker-java-home/include -I/docker-java-home/include/linux'
java libs   : '-L/docker-java-home/jre/lib/amd64/server -ljvm'

但是，当我运行作为我的 Jenkins 作业一部分的脚本时，相应的输出变为：

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/lib/jvm/default-java/jre/bin/java'
archiver    : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/jar'
compiler    : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/javac'
header prep.: '/usr/lib/jvm/default-java/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/default-java/include -I/usr/lib/jvm/default-java/include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/default-java/jre/lib/amd64/server -ljvm'
checking whether Java run-time works... ./configure: line 3747: /usr/lib/jvm/default-java/jre/bin/java: No such file or directory
no
configure: error: Java interpreter '/usr/lib/jvm/default-java/jre/bin/java' does not work

所以，当我 docker exec 到 bash 时，似乎哪个进程是运行ning 与运行ning 的进程有不同的 JAVA_HOME在我詹金斯的工作下。为此，我在我的脚本 (as suggested) 中安装 rJava 行之前直接添加了以下内容：

export JAVA_HOME=/docker-java-home/
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
Rscript -e 'install.packages("rJava")'

但是，这失败了，输出相同。我还通过 cating Sys.getenv('JAVA_HOME') 并确认它是 /docker-java-home/ 来检查 R 进程运行ning install.packages 是否具有相同的 JAVA_HOME。

Jenkins 脚本没有 root 权限，所以我不能运行 R CMD javareconf。

如何让install.packages('rJava')使用JAVA_HOME的权利？

Answer 1

FWIW，这些天我在 Docker 图像中使用以下变体来使 rJava 正确构建：

# rJava
RUN apt-get update && apt-get install -y libudunits2-dev gnupg2 software-properties-common
RUN echo "deb http://ppa.launchpad.net/webupd8team/java/ubuntu trusty main" \
      | tee /etc/apt/sources.list.d/webupd8team-java.list \
    &&  echo "deb-src http://ppa.launchpad.net/webupd8team/java/ubuntu trusty main" \
      | tee -a /etc/apt/sources.list.d/webupd8team-java.list \
    && apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys EEA14886 \
    && echo "oracle-java8-installer shared/accepted-oracle-license-v1-1 select true" \
        | /usr/bin/debconf-set-selections \
    && apt-get update \
    && apt-get install -y oracle-java8-installer \
    && update-alternatives --display java \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/* \
    && apt-get clean \
    && R CMD javareconf

这不是我自己的作品，我基本上是从@daroczig 那里拿来的：

https://github.com/rocker-org/rocker/issues/109

https://hub.docker.com/r/cardcorp/r-java/dockerfile/

Docker、詹金斯和 rJava

Docker, Jenkins, and rJava

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