尝试运行 RCyjs 示例时出现 BrowserViz 错误

Question

正在尝试测试 R/Shiny 个应用中的 RCyjs package because I want to learn about using Cytospace.js。但是，我运行以下内容：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("RCyjs")
library(RCyjs)

g <- simpleDemoGraph()
noaNames(g)
edaNames(g)
noa(g, "type")
noa(g, "lfc")
eda(g, "edgeType")
eda(g, "score")
g <- simpleDemoGraph()
rcy <- RCyjs(portRange=9047:9067, quiet=TRUE, graph=g);
title <- "simple graph"
setBrowserWindowTitle(rcy, title)

这是安装，也是 RCyjs 插图中的第一个示例。我收到此错误：

Error in file.exists(browserFile) : argument "browserFile" is missing, with no default

在 RCyjs(...) 行上。

有人有什么建议吗？甚至教程似乎都不起作用时，我不知道该去哪里。

Answer 1

这在 github 的开发版 (2.3.6) 和发行版 (2.2.1) 中均已修复。 Bioconductor 构建系统也将很快完成其每日轮次，之后 biocLite("RCyjs") 将安装固定版本。

git clone git@git.bioconductor.org:packages/RCyjs
cd RCyjs
R CMD INSTALL .

您的错误报告是一记警钟，促使我们重新思考我们的自动化测试方法。基于浏览器的包测试曾经是 Bioconductor 构建过程的一部分，但现在不再是了。 Max 明智地建议 travis/ci 与 github 提交集成。我应该在几个月前就完成了。

尝试运行 RCyjs 示例时出现 BrowserViz 错误

BrowserViz error when trying to run RCyjs example

r

cytoscape.js

尝试 运行 RCyjs 示例时出现 BrowserViz 错误

BrowserViz error when trying to run RCyjs example

r

cytoscape.js

尝试运行 RCyjs 示例时出现 BrowserViz 错误