使用正则表达式批量重命名 *fastq.gz 个文件

Question

我正在尝试使用正则表达式 rename；我在这里尝试过类似回答问题的方法，但无法得到我想要的结果。

文件是这样命名的：

SR1_S90_L001_R1_001.fastq.gz 
SR1_S90_L001_R2_001.fastq.gz
Rinc_S96_L001_R1_001.fastq.gz 
Rinc_S96_L001_R2_001.fastq.gz

而且我想仅保留第一个下划线和_R1_或_R2_标签之前的信息，如下所示：

SR1_R1_.fastq.gz 
SR1_R2_.fastq.gz
Rinc_R1_.fastq.gz 
Rinc_R2_.fastq.gz

Answer 1

在当前目录下进行如下重命名：

opendir DIR, '.';
for (readdir DIR) {
  /^([^_]+).*(_(?:R1|R2)_)[^_]+(\.fastq\.gz)$/ or next;
  rename $_, "";
}

Answer 2

rename 's{^([^._]+)_[^.]*(_R[12]_)[^.]*}{}' *

思路是匹配（并捕获）字符串的第一部分（1个或多个不是.或_的字符），后面是_和0或更多非 . 字符，然后是 _R1_ 或 _R2_（我们也捕获了这部分），然后再次是 0 个或更多非 . 字符。

这应该匹配文件名的第一部分（在 . 之前）并将其替换为第一个和第二个捕获的子字符串，即第一个 _ 和 R1/R2 之前的所有内容标签。

Batch rename *fastq.gz files using regular expression