从 2D 图像创建 .mhd 文件

Question

我正在研究 medikal 中的 3d 重建，我有图像数据集，其中包含大量 2d 图像我的代码需要一个 .raw 文件如何将我的图像转换为 .raw 文件（我的图像是 png 文件，输出应该是 .mhd 文件）我将此 .mhd 文件用于我的代码：

   ObjectType = Image
NDims = 3
BinaryData = True
BinaryDataByteOrderMSB = False
CompressedData = False
TransformMatrix = -1 0 0 0 1 0 0 0 -1
Offset = 0 0 0
CenterOfRotation = 0 0 0
AnatomicalOrientation = LAS
ElementSpacing = 0.9375 0.9375 1.5
ITK_InputFilterName = MetaImageIO
DimSize = 256 256 94
ElementType = MET_SHORT
ElementDataFile = FullHead.raw

但是我需要一个 .raw 文件来使用 .mhd 文件另一方面我无法从 png 图像to.rawfile转换

Answer 1

~~你必须指定，你有什么样的输入数据。他们是例如DICOM 图像？ TIFF？还有其他格式吗？如果您提供一张示例图片，这将是最简单的。~~

~~再想想，你需要什么样的输出？ MHD (MetaImage Header) 通常只包含元数据，RAW 是精确图像。~~

改进以下答案

原始数据就是你读过的png图片的内容。所以简单地读取图像，将 2D 矩阵更改为 1D 数组并连接所有文件：

from PIL import Image
import numpy as np
slices = []
for afile in imageList:
    img = Image.open(afile).convert('L')
    arr = np.array(img).flatten('C')  #if image gets transposed, then 
flatten('F')
    slices.append(arr)

arr2 = np.array(slices).flatten('C').astype('short')
arr2.tofile("OutputFile.raw")

从 2D 图像创建 .mhd 文件

Create .mhd File from 2D Images

vtk

python-2.7

imageset